У Аристотеля признаются неприемлемыми учение о вечности мира, ограничение сферы промысла надлунной областью, отсутствие отдельной от тела души, включение в число благ богатства, удовольствий и т.д. Критикуют Аристотеля Татиан, Афинагор, а также авторы «Опровержения некоторых учений Аристотеля» и «Увещания к язычникам», приписываемых Иустину Философу. Эта критическая традиция, в частности, могла опираться на антиаристотелизм платоников. Об этом исследователи судят по Евсевию Кесарийскому, который в книге 15 «Евангельского приуготовления» упрекает Аристотеля в том, что тот помимо добродетели признавал необходимыми для счастья плотские удовольствия и удачу; что из видимого космоса Аристотель изгнал Промысл Божий; признавал несотворённость мира; учил о «пятом теле» – эфире; отличался от Платона (и Моисея) в понимании строения космоса; не признавал бессмертия души. При изложении всех этих вопросов Евсевий обильно цитирует Аттика, представлявшего антиаристотелевскую тенденцию в платонизме II в. н.э., а в вопросе о бессмертии души привлекает и Плотина с Порфирием, также не признававших учение Аристотеля о душе как энтелехии одушевлённого тела. Знакомство с восходящей к Арию и Дидиму Слепцу и нашедшей отражение у Диогена Лаэртского аристотелевской доксографией обнаруживает Ипполит Римский , у которого Аристотель по преимуществу логик, а позднее Епифаний Кипрский, который упрекает Аристотеля и прочих светских диалектиков в том, что они не могут с помощью логики объяснить тайны Рождества Христова. Вместе с тем в Псевдо-Климентинах есть попытка интерпретировать аристотелевский эфир как «Того, Кто, сочетав четыре элемента, создал мир»; сходная концепция есть у Афинагора, в «Увещании к язычникам» Иустина Философа и у Ермия, что впоследствии вызвало критику Оригена. О стремлении усвоить и применить аристотелевскую школьную учёность в связи с выдвигаемыми христианским богословием проблемами свидетельствуют представители еретических учений. Во II в. возникает связанная с именем действовавшего в Риме Феодота Византийского ересь монархиан-динамистов, которые были знатоками Аристотеля и Феофраста и, в частности, отвергали из логических соображений возможность Богочеловечества. Феодот считал, что Христос – только человек, ставший Богом после воскресения. В III в. Павел Самосатский отрицал возможность воплощения Логоса. Аэций, учившийся у некоего александрийского аристотелика, мог говорить о Боге только с использованием силлогистических фигур, что и явилось причиной возникновения арианской ереси (ср. замечание Иеронима о том, что ересь Ария «отводит ручейки своих аргументов из аристотелевских источников»). О том, что на «Категории» Аристотеля опирается Евномий, пишет Василий Великий. Аристотель был популярен в Антиохийской школе, благодаря которой в IV–VI вв. развивается традиция сирийских переводов сочинений Аристотеля и его комментаторов. Проб в Антиохии перевёл «Об истолковании», составил комментарии к «Введению» Порфирия, «Первой аналитике» и «Софистическим опровержениям», после закрытия несторианских школ императором Зиноном в 489 г. несториане продолжили занятия в Персии, в Нисибисе, а с приходом арабов содействовали переводу античных философов (в первую очередь, Аристотеля) на арабский язык.