Книга 12 рассматривает три вида сущности (чувственно воспринимаемые, подвижные и существующие отдельно: одни – вечные, другие – преходящие, которыми занимается учение о природе, и неподвижные – существующие и не существующие отдельно). Чувственно воспринимаемые изменяются, но имеют сохраняющуюся при изменениях материю, могущую принять форму; это и есть три причины: материя, отсутствие и наличие формы; к ним добавляется ум, неподвижная причина движения. Ум вечно мыслит, предмет его мысли прост, и этот предмет – он сам. Его сущность – деятельность, у него нет материи, и движет он как предмет желания и мысли, т.е. так, как предмет любви движет любящим. Первое движение – вечное круговое движение неба в целом, а от него – все остальные движения. При этом для планет, совершающих сложные движения, также должны быть неподвижные двигатели, каждый из которых задаёт круговое движение определённой сферы, а все вместе они создают то сложное движение звёзд и планет, которое мы наблюдаем. В соответствии с моделью Евдокса – Каллиппа число сфер и неподвижных сущностей должно быть 49; в тексте Аристотеля их 47. Книги 13–14 посвящены критике теории отдельно существующих математических предметов, идей-чисел, или эйдосов-чисел, самосущих единиц, единого-начала, блага-начала и вообще противоположностей в качестве начал. Аристотель даёт первый в истории европейской философии пример школьной систематически развитой философии как науки в смысле реального исследования отчётливо выявленных предметных областей. В отличие от пифагорейцев, впервые осознавших специфику философии как рационально контролируемой в рамках школы сознательной ориентации человека в мире чувственного опыта и наличных социальных и духовных ценностей, что привело к открытию самой сферы научного знания и реальных успехов в математике; в отличие от софистов и Платона, развивших институт школы и практически разрабатывавших философию как пайдейю, т.е. как систему воспитания и дисциплинарно дифференцированного образования, Аристотель впервые в рамках данного института (школы) занят научной разработкой отдельных дисциплин. Благодаря ему была терминологически более строго определена и предметная область самой философии как науки о первых началах, о сущем как таковом (первая философия) и как системы прочих наук, занятых исследованием «первых» начал в каждой так или иначе установленной области бытия и знания о нём. Аристотель впервые систематически разработал инструментарий и методологию философского исследования, создав логику, упорядочив терминологический и понятийный аппарат философии и введя жанр прагматии – философского трактата, посвящённого систематической разработке определенной темы. Именно эти достижения Аристотеля позволяли отчётливее отделять его реальные научные достижения от имагинативных построений идеологического характера, хотя и те и другие оказались востребованы в определённые периоды развития европейской философии от Античности до настоящего времени, например, телеологизм или – концепция эфира.