Но здесь возникал вопрос: если Спаситель был для Нестория только человеком, хотя и соединенным с Богом, то что же в таком случае он понимал под спасением? Это было не совсем ясно, но очевидно, что об обожении человека, как религиозном идеале, Несторий не мог и не решался говорить.

Он вынужден был прибегать к аргументам, которые не заключали ереси, но возбуждали и без того разгоряченную толпу. Предостерегая против термина «Богородица», он говорил: «Разве Бог имеет мать? Если да, то в таком случае будет лжецом и Павел, когда говорит о божестве Христа: без отца, без матери, без роду. Нет, Мария родила не божество, потому что рожденное от плоти плоть есть; тварь родила не Творца, а человека».

Волнения и смуты, возбуждаемые новым учением, не ограничились одним Константинополем. По мере того, как Несторий произносил свои беседы в разъяснение и оправдание своего учения, они немедленно публиковались и рассылались по всем направлениям, и повсюду, куда они доходили, возникали такие же горячие споры и раздоры, как в столице. В Антиохии и вообще в Сирии очень многие приняли сторону Нестория. Но в Александрии и в Риме несторианство встретило сильное противодействие.

Главным оппонентом Нестория стал александрийский архиепископ Кирилл, написавший несколько обстоятельных посланий с опровержением несторианства. Свою епископскую деятельность Кирилл открыл гонениями на еретиков-новациан, которые были изгнаны из его епархии, и на иудеев, которые были отчасти изгнаны, отчасти избиты, с конфискацией их имущества. Эта мера вызвала против него неудовольствие александрийского префекта Ореста; монахи Кирилла, со своей стороны, отвечали префекту открытыми оскорблениями, а один из них даже ранил его камнем, за что был казнен. Кирилл провозгласил его страдальцем за истину и похоронил с почетом. На нем тяготело также обвинение в подстрекательстве к убийству знаменитой женщины-ученой Гипатии, опровергнутое лишь в 1881 г. исследованием католического ученого Коппалика.

С 419 г. деятельность Кирилла Александрийского почти всецело посвящена борьбе с ересью Нестория. Этому способствовал, между прочим, давнишний антагонизм между Александрией и Антиохией, к которой принадлежал Несторий по рождению и образу мыслей, и между Александрией и Константинополем, которому, со времени перенесения туда императорской резиденции, Александрия должна была уступить свое место в ряду патриархатов. Поэтому Кирилл относился к Несторию не только как к оппоненту в религиозном диспуте, но и как к сопернику и личному врагу. Несмотря на то, что Несторий пользовался покровительством самого императора, что его сторону держали патриархаты Антиохийский и отчасти Иерусалимский, а также свободно мыслящие всей империи, победа Кирилла Александрийского была полная. В своих сочинениях он защитил и сформулировал «веру Церкви» по спорному вопросу настолько полно и ясно, что его учение стало учением всей Церкви.

Император обвинил Кирилла в том, что он «произвел смятение и разделение в Церквах», однако не стал прямо вмешиваться в догматический спор и постановил разрешить его на Вселенском соборе, который открылся в Эфесе в 431 г.