В 380 г. Феодосий обнародовал императорский эдикт, объявлявший христианство в его ортодоксальной форме обязательным для всех подданных, причем законодательно устанавливалось отличие христианской ортодоксии (т.е. православия) от гетеродоксии еретиков на основе приверженности Никейскому Символу веры. Вслед за тем появился целый ряд указов, направленных против еретиков и запрещающих им строить церковные здания, созывать Соборы, ставить себе епископов и рукополагать клириков. Церкви, принадлежащие арианским общинам, отбирались силой. На Втором Вселенском соборе Феодосий утвердил соборное определение о Символе веры в качестве обязательного для всех государственного закона, а с 386 г. повелел привлекать к суду по закону об оскорблении величества виновников волнений в Церкви, поскольку они выступали против утвержденных императорской властью вероисповедных формул. В 388 г. был введен полный запрет на религиозные прения и дискуссии.

Любивший во всем четкость император Феодосий расположил великие диоцезы в следующем порядке: Римский, Константинопольский, Александрийский и Антиохийский, что, однако, первое время не принималось Римом и отвергалось Александрией. В следующем веке иерархи этих диоцезов получили титулы патриархов, хотя епископ Римский предпочитал называться папой, а епископ александрийский – и патриархом, и папой. Впоследствии к патриархатам за святость его земли был присоединен Иерусалимский диоцез.

Феодосий почитал каппадокийских отцов Церкви за содействие в борьбе против арианства. Они же считали, что император – наместник Бога на земле, однако долг священства – направлять императора на верную духовную стезю, поэтому он нуждается в помощи Церкви, благодаря которой сможет постичь христианскую мудрость и стать настоящим царем.

Религиозная политика Феодосия была направлена на преследование и вытеснение античной религии, которая к этому времени, несмотря на угасание ряда культов и запустение храмов, все еще сохраняла свои позиции как народная вера и составная часть религиозно-философского синкретизма интеллектуалов, близких к неоплатоникам, писавших антихристианские полемические сочинения. Более того, древняя римская религия обладала de jure статусом государственной, потому что римские императоры, правившие на Западе, продолжали носить титул Pontifex Maximus.

Принципиальное отличие религиозной политики Феодосия от его предшественников заключалось в том, что уже не было прежней терпимости к иным верованиям. На римском престоле сидел император, считавший Церковь и религиозные убеждения своих подданных входящими в область его полномочий. Начиная с Феодосия, Церковь – это уже не только союз поверивших, но и союз обязанных верить. Государственная санкция дала Церкви небывалую силу и, может быть, действительно многих привела к вере и новой жизни. Но, в конечном итоге, от нее же для христианского мира пришло начало его распада, восстание самого мира против Церкви. Нередко церковные иерархи сами подталкивали власть к гонениям против еретиков и иноверцев, стремясь опереться на силу императора в борьбе со своими религиозными оппонентами. И наиболее наглядно это проявилось в отношении иудейской религии. Если в первые века христианства иудейские первосвященники в борьбе со своими сектантами постоянно апеллировали к римской администрации, то теперь уже христианские епископы выступали инициаторами антииудейских акций.