Наставник Иоанна увидел в этом занятии еще одно проявление гордыни и наложил на него строгую епитимью (наказание), повелев очистить руками все отхожие места в лавре. Иоанн смиренно выполнил и это неслыханное требование теми самыми руками, которые прежде умащал дорогими ароматами. После этого старец простил его, но по-прежнему запрещал писать. Видя его непреклонную суровость, Богородица явилась однажды наставнику в ночном видении и сказала: «Зачем ты заграждаешь источник, могущий источать сладкую и изобильную воду? Не препятствуй источнику течь. Пусть жаждущие стремятся к этой воде». Старец смутился и больше не запрещал Иоанну писать. (Поучительный пример того, чью волю надо исполнять прежде всего – Божью или человеков.)

С этого времени Иоанн постоянно трудился над составлением книг и песнопений. Ему приписывают авторство многих песен в знаменитом «Октоихе» – восьмигласнике для воскресной службы, который еще при его жизни был принят по всему Востоку, а после его смерти также и на Западе. «Октоих» произвел перемену в церковной службе, придав ей большую определенность и единообразие. Кроме этого Дамаскин писал жития, составлял праздничные «слова» и молитвы, излагал догматы веры и комментировал непонятные места в богословии. Продолжал он писать и против еретиков, особенно иконоборцев, составил «Руководство» – объяснение важнейших богословских выражений, неправильное понимание которых в древности было причиной ересей, а также несколько небольших сочинений по догматике (среди них: «О святой Троице», «Об образе Божьем в человеке», «О природе человека» и др.). Большой известностью пользовались проповеди Дамаскина. Он много сделал для исправления богослужения, пересмотрев и дополнив устав иерусалимского монастыря Саввы Освященного. Наконец, он был первым, кто изложил в стройном систематическом порядке богословское учение православной Церкви.

Вслед за Ареопагитом Иоанн говорит о непостижимости Божией, которая есть единственное из Его постигаемых свойств. В изложении троичного догмата он следует за Григорием Богословом: Бог един, но в Нем неслитно соединяются и нераздельно разделяются три ипостаси, так что Троичность раскрывается в нераздельности Единого существа, ибо каждая ипостась «едина с другими не менее, чем с Самою Собой». Различие никогда не переходит в рассечение, ибо ипостаси Бога не только подобны, но и тождественны по существу. Различие их свойств («особенностей») обозначается только в существенном единстве Божественной жизни. Бог есть «единая простая сущность в Трех совершенных ипостасях». В каждой из них равно и тождественно содержится вся полнота Божественного естества. Происхождение Второй и Третьей ипостасей от Первой не вносит никакого деления или распределения в полноту Божественной Личности. Нельзя представлять дело так, что Отец, рождая Сына, уделяет ему какую-то часть Своего существа. Нет – все, что имеет Отец, имеет в Себе и Сын, имеет и Дух. Божество не распадается на ипостаси, не распределяется по ним, но в каждой из них присутствует во всей Своей полноте.

Различие ипостасей между собой не относится к самой их сущности, но обозначает только образ их взаимного отношения. Однако эти соотносительные свойства не случайны, а отражают самое бытие каждой из ипостасей. Безначальный Отец есть вневременное начало Второй и Третьей ипостасей. Сын и Дух происходят от Отца, но не одинаковым образом. Вторая ипостась рождается от Первой, и сам факт этого рождения таинственным образом связан с «исхождением» Духа. О том, чем различаются «рождение» и «исхождение», человеку не дано знать. Рождение не есть творение (которое есть дело воли) – оно происходит «не по хотению» Отца, а в силу естественной производительности Божества. Божественное рождение не только безначально, но и нескончаемо, – оно выше всякого изменения и возникновения.