Иконоборцы особенно старались показать, что у них нет ничего общего с этой сектой. Жестокости императора Льва Армянина заставили многих павликиан искать убежища в мусульманской части Армении, где эмир фактически запер их в городке Аргауме. Отсюда павликиане, несмотря на протесты своего главы, делали опустошительные набеги на византийскую территорию. Гонения при императоре Феодоре только увеличили их численность, у них появился талантливый полководец и новый лидер – Карвеас. На берегу Евфрата павликиане построили сильную крепость, откуда Карвеас нападал на Византию и разбивал выходившие против него отряды. Его пасынок и наследник Хрисохир прошел по всей Малой Азии. В 871 г. он попал в засаду и был убит, а его последователи были отброшены к горным твердыням. Еще целое столетие они тревожили Византию, и только в 970 г. император Иоанн Цимисхий, отличавшийся веротерпимостью, сумел поселить большую колонию павликиан для охраны границы около Филиппополя во Фракии, где им была гарантирована религиозная свобода. Здесь они жили в полной независимости около столетия, пока император Алексей Комнин не наказал их за предательство во время войны с норманнами. В 1115 г. непосредственно близ колонии павликиан были основаны православный монастырь и город Алексиополь. Тем не менее, секта продолжала здесь существовать до начала XIII в., подобно богомилам, которые также были привлечены сюда терпимостью Цимисхия. Разновидности секты позднее появились в Италии и во Франции под названием катаров и альбигойцев.

Вначале император Лев Исавр своим указом запретил христианам падать перед иконами во время молитвы. Это не привело к ожидаемым результатам, и через пять лет был издан указ, в котором повелевалось совершенно прекратить почитать иконы и удалить их из общественных мест. Многие иконы просто уничтожались.

При уничтожении икон происходили схватки и побоища. Население Греции и Кикладских островов, провозгласив нового императора, подняло восстание, однако оно закончилось полной победой энергичного Льва Исавра. Немало жителей внутренних частей империи, не желая мириться с иконоборчеством, бежали на окраины государства. Значительная часть итальянских владений Византии вместе с Равенной в это время отдалась во власть лангобардов. Римские папы отказались подчиниться требованиям императора и объявили иконоборчество ересью. Константинопольский патриарх Герман обличал Льва III в ереси, на настояния императора подписать эдикт против икон ответил отказом вводить что-нибудь новое в делах веры без вселенского Собора, но был смещен и заменен иконоборцем Анастасием. Папство встало на защиту Германа, папа Григорий II осудил Льва III как еретика, а 90-й по счету папа Григорий III специально собрал в 732 г. Собор, также осудивший иконоборчество. Папы расценивали политику Льва III как стремление сочетать в себе императора и священника. С их точки зрения, Лев III Исавр представлял собой не более чем прихожанина Софийского собора.

По вполне понятным причинам литературная продукция иконоборцев почти полностью утрачена (из-за их окончательного поражения), зато хорошо сохранились произведения иконопочитателей. На Востоке самым сильным противником иконоборчества явился в эту эпоху знаменитый Иоанн Дамаскин. Его главная работа – «Источник знания (ведения)» – остается непревзойденным курсом догматического богословия. Книга написана им в конце жизни и дает полное и ясное изложение православных догматов. Она служила образцом для богословов не только восточных, но и западных. Даже труды Фомы Аквинского являются зачастую переделками богословия Иоанна Дамаскина.