С одной стороны, следуя сразу после Пятикнижия, «Книга Иисуса Навина» повествует об исполнении и завершении обетований о Святой земле, составляющих одну из сюжетных линий предшествующих библейских книг. Это очевидное смысловое и сюжетное единство «Книги Иисуса Навина» с Пятикнижием, и особенно с книгой «Второзаконие», позволило в ХIX в. некоторым представителям западных либерально-критических направлений в библейской критике ввести в научный оборот особый термин – «Шестикнижие». Согласно этому подходу, «Книга Иисуса Навина» составляет тематическое единство этих шести книг. Поскольку текст «Книги Иисуса Навина» обладает сложной структурой, составленной из разных стилистических разделов, были попытки применить классическую схему теории четырёх источников Пятикнижия к тексту «Книги Иисуса Навина», в котором находили следы «яхвиста», «элогиста», «священнического» и «второзаконнического» кодекса. Одним из первых в свете теории источников «Книгу Иисуса Навина» рассматривал Ф. Блек. Ю. Велльгаузен, считая, что источник «элогиста» (особенно ярко проявившийся в главе 24), лежал в основе всей книги, тем не менее, усматривал в остальных частях книги основные признаки второзаконнического кодекса. Вильгельм Рудольф, полемизируя с Ю. Велльгаузеном, приуменьшал влияние элогиста, рассматривая основную часть «Книги Иисуса Навина» как произведение редактора-«яхвиста». Главным образом, критика источников относит большую часть глав 1–11 к произведению «элогиста», с оговоркой, что второзаконнический редактор переработал повествование в такой степени, что источник «яхвиста» почти полностью был заглушен в исправленной версии. Влияние «священнического» кодекса исследователи обнаруживают в списке левитских городов в Нав. 21, в повествованиях о разделе Святой земли (13–21), в упоминании первосвященника Елеазара в Нав. 14:1; 17:4; 21:1. Рассказ о переходе через Иордан был усилен ролью священников (Нав. 3:3, 6), характерной для «Книг Паралипоменон». Рассказ об обрезании в Нав. 5:2–8, который прерывает повествование, исследователи также считают характерным для этого источника добавлением. Исследования в рамках традиционного историко-критического метода подчёркивали значение священнических и второзаконнических редакторов в процессе формирования «Книги Иисуса Навина». В XX в. существуют попытки дальнейшего развития теории источников с учётом литературно-критического метода. Тем не менее, подход к «Книге Иисуса Навина» с позиции теории источников Пятикнижия не смог убедительно объяснить всеобъемлющее влияние второзаконнического источника и затруднил поиск следов остальных источников, поэтому дальнейшие исследования «Книги Иисуса Навина» только в свете этой теории выглядят, с точки зрения ряда исследователей, проблематичными.