Однако при этом не отрицается древнее происхождение «Книги Иисуса Навина», поскольку далее говорится, что исторические книги написали «современные событиям пророки». В Новое время Альфонс Тостат (ум. в 1455 г.) предположил, что «Книга Иисуса Навина» была составлена Соломоном. Андреас Мазиус отметил схожесть литературных особенностей «Книги Иисуса Навина» и Пятикнижия. В XVI в. Жан Кальвин предположил, что первосвященник Елеазар скомпилировал основные материалы, которые в результате составили содержание «Книги Иисуса Навина». В XVII в. Бенедикт Спиноза приписывал составление книги священнику Ездре. В XVIII–XIX вв. с возникновением и развитием теории источников Жана Астрюка и Юлия Велльгаузена большая часть учёных отрицала подлинность авторства книги. Тем не менее, существовали защитники традиционного взгляда среди католических учёных. Большая часть российских библеистов XIX – начала XX вв. придерживались традиционного взгляда на происхождение «Книги Иисуса Навина», но исследователи выделяют три основные позиции по вопросу авторства: признание аутентичности всей книги целиком (епископ Михаил (Лузин), Аким Алексеевич Олесницкий и др.); выделение в ней нескольких мест, добавленных после смерти Иисуса Навина (протоиерей Михаил Иванович Херасков); обоснование более позднего авторства, например, приписывание его пророку Самуилу или кому-то из его учеников (митрополит Амвросий (Подобедов), Фёдор Герасимович Елеонский). В Нав. 24:26 запись божественных постановлений в книгу закона Господа, исследователи безусловно атрибутируют Иисусу Навину, но в Нав. 5:1 (по MT) писатель говорит о «нашем переходе» через Иордан. Местоимение «нам» в Нав. 5:6, по мнению исследователей, может указывать на следы иного, нежели Иисус Навин, автора книги. Исследователи считают, что частое повторение утверждения, что какая-либо ситуация продолжается «до сего дня» (Нав. 4:9; 5:9; 6:24), усиливает впечатление, что большинство материалов книги были записаны позже описываемых событий. Разнообразие литературных элементов, составивших её содержание, показывает, что оно не было результатом труда одного автора, но, скорее, указывает на множество составителей. В настоящее время общепризнанным среди исследователей является представление о невозможности выделения тех разделов, которые могли восходить к самому Иисусу Навину, основную проблему авторства они связывают с выделением пластов редакторской правки. Среди западных библеистов на сегодняшний день преобладает точка зрения, согласно которой Иисус Навин не был автором надписанной его именем книги. В современных библейских исследованиях «Книга Иисуса Навина» рассматривается как труд, принадлежащий одновременно к двум разделам канона Ветхого Завета.