Богословская тематика «Книги Иисуса Навина» связана с учением Нового Завета: Господь Иисус Христос, как и Иисус Навин, является исполнителем воли Божьей о Своём народе. Иисус Навин был преемником Моисея и данного ему закона, Господь в Евангелиях также обращается к фигуре пророка Моисея (Лк. 24:44; Ин. 5:46; 7:19, 23). Будучи вождём народа, Иисус Навин являет собой образ идеального царя, впоследствии воплощённый в фигурах царей Иосии и Давида и получивший полное раскрытие в Иисусе Христе (Лк. 19:38; Ин. 1:49). Господь, так же как Иисус Навин, приводит верных в землю обетованную, которая является прообразом Царствия Божия (Мф. 4:23). Тема обетования земли раскрывается в послании к Рим. 4:13–16, где Бог обещает уготовать весь мир верующим в Него, отголосок этой темы можно найти в Нагорной проповеди Спасителя (Мф. 5:5). Как в поздних частях Ветхого Завета (Сир. 46:1), так и у еврейского историка Евполема (середина II в. до н.э.), а также в раввинистической традиции Иисус Навин именовался пророком. Исследователи полагают, что в подражание античному историку Фукидиду и его портрету Перикла, Иосиф Флавий пытается изобразить Иисуса идеальным военачальником, особо подчёркивая его мужество и храбрость в ведении войны, мудрость, верность завету и благочестие. Иосиф Флавий, пересказывая «Книгу Иисуса Навина», иначе представляет необычные события, избегая акцента на их чудесной природе, как в рассказах о переходе через Иордан, о разрушении Иерихона, об остановке солнца, или же не упоминает о них, как об обряде обрезания в Галгале. Филон Александрийский отмечает, что вместе с переменой имени меняется и внутреннее состояние Иисуса Навина (Числ. 13:17): он обращён теперь исключительно к спасению во Господе. В Талмуде Иисус Навин именуется одним из трёх персонажей в истории еврейского народа, ради которых останавливалось солнце, он также представлен как знаток и учитель Торы. Впоследствии Иисус Навин женился на Раав после её обращения, среди их потомков было восемь пророков. Появление Иисуса в качестве предводителя народа поэтически сравнивается с луной, а появление пророка Моисея – с солнцем. Перед уничтожением ханаанских городов Иисус издал указ, предоставляющий право жителям, не желающим воевать, уйти из города, чтобы избежать гибели. В святоотеческой традиции полные комментарии на «Книгу Иисуса Навина» были написаны Оригеном, Феодоритом Кирским, Прокопием Газским и Августином Блаженным. Основные события «Книги Иисуса Навина» в святоотеческой экзегезе служили прообразами для последующих событий Нового Завета и истории церкви. Наибольшее внимание помимо личности Иисуса Навина уделялось следующим сюжетам: приёму соглядатаев в доме блудницы Раав и спасению её дома (Нав. 2:1–21), переходу через Иордан и установлению камней свидетельства (Нав. 3–4), падению Иерихона (Нав. 6) и чудесной остановке солнца и луны в битве при Гаваоне (Нав. 10:12–14).