В свете археологических данных в эпоху перехода от второй фазы позднего бронзового века В (около 1300 – около 1200 гг. до н.э.) к первой фазе железного века А (около 1200 – около 1150 гг. до н.э.), т.е. около 1200 г. до н.э., в материальной культуре Ханаана произошли существенные изменения. Богатая ханаанская цивилизация уступает место более примитивной материальной культуре, для которой нехарактерны укреплённые поселения и большие строения, нет предметов роскоши, привозимых с Кипра и Крита в Ханаан именно в период, предшествовавший израильскому завоеванию. Существенные изменения в хозяйственной жизни происходят в центральной части нагорья Ханаана (в основном, на территории колен Вениамина, Ефрема и Манассии), исследователи полагают, что они могут быть соотнесены с расширением ареала расселения пришедших из Египта израильских колен. Во второй половине XIII – начале XII вв. до н.э. (конец второй фазы позднего бронзового века), по данным археологии, ряд палестинских городов (в том числе и те, которые, согласно Книгам Иисуса Навина и Судей, захватили израильтяне) подверглись разрушению: Лахиш, Вефиль, Давир, Асор, Мегиддо, Таанах, Вефсамис и многие другие. Некоторые из этих городов могли быть взяты израильтянами; другие были разрушены в результате военных походов египтян, нашествия «народов моря», а также вследствие междоусобных войн. В то же время ряд городов, упоминаемых в Книгах Иисуса Навина и Судей как поражённые израильтянами (в том числе Гай, Хеврон, Гаваон), насколько исследователи могут судить по результатам раскопок на настоящий момент, в XIII в. до н.э., вероятно, не существовали (хотя в Гаваоне были найдены незначительные следы поселения поздней бронзы, а вопрос о местонахождении Гая остаётся дискуссионным). Результаты раскопок побудили исследователей искать альтернативные традиционным варианты объяснения появления Израиля в Ханаане. А. Альт, которого поддержал М. Нот, предложил гипотезу постепенного «мирного проникновения», не предполагающую единовременного сплошного завоевания Ханаана. Кочевые и полукочевые группы, согласно этой гипотезе, приходили со своими стадами из Заиорданья, постепенно оседали в центральных, нагорных районах Ханаана, не вступая в военные конфликты и заселяя свободные земли между ханаанскими городами. В итоге, смешавшись с коренным населением, они обозначили себя Израилем и объединились по типу «амфиктионии» (племенного союза с единым религиозным центром) в народ завета с Яхве. Гипотезу А. Альта исследователи критикуют, прежде всего, потому, что она не может объяснить резкий рост населения в XIII–XII вв. до н.э., о котором свидетельствуют результаты раскопок.