Император Валентиниан I официально признал синагоги местами отправления публичного культа, а Феодосий I Великий разрешил деятельность «секты иудеев». Более того, в конце IV в. иудейские патриархи были причислены к сенаторскому рангу (spectabilis, clarissimus, illustris). Запрет императора Гонория (399 г.) отсылать деньги патриарху действовал лишь пять лет и был отменён в 404 г. Положение на Востоке резко изменилось при императоре Феодосии II (408–450 гг.). В 414/415 г. в Александрии произошёл погром. В 415 г. Феодосий II запретил иудеям строить новые синагоги, хотя дозволял восстанавливать старые. В новелле того же императора от 438 г. иудеям запрещалось занимать посты в имперской и местной администрации. Исследователям известно также, что после 425 г. (как полагают исследователи, после смерти Гамлиеля VI) династия иудейских патриархов прервалась и новых патриархов уже не избирали (429 г.). Тем не менее, насильственного обращения иудеев в христианство на Востоке власти не санкционировали. У исследователей есть сведения о том, что в середине V в. на Крите появилось мессианское движение. Некий иудей стал выдавать себя за пророка Моисея и обещал провести последователей через море. Когда люди стали гибнуть в море, и его обман раскрылся, многие добровольно обратились в христианство. Христианское влияние усилилось с приходом к власти императора Юстиниана I Великого (527–565 гг.). Он развернул активное строительство церквей в Палестине, некоторые синагоги были превращены в церкви. В 545 г. вновь был издан указ о запрете строительства новых синагог. В новелле 553 г. Юстиниан I Великий предписал иудеям читать Священное Писание в синагогах не только на еврейском, но и на греческом языке, а также запретил читать раввинистические сочинения. Кодекс Юстиниана I Великого содержит ряд постановлений, касающихся отношений между иудеями и христианами: евреям было запрещено иметь рабов-христиан, запрещено свидетельствовать против христиан в суде, имущество обратившихся в иудаизм подлежало конфискации, переход из христианства в иудаизм приравнивался к святотатству и карался смертной казнью, иудеи, напавшие на евреев, обратившихся в христианство, должны быть сожжены заживо, иудеям запрещено служить в армии и занимать административные должности, запрещено применять иудейское брачное законодательство, включая левиратные браки, если рабы иудеев обращались в христианство, они получали свободу. Не допускались споры между иудеями и христианами, запрещалось мешать иудейским собраниям и осквернять синагоги. Прокопий Кесарийский сообщает, что император Юстиниан I Великий также препятствовал публичному празднованию иудеями Песаха: «...Он стремился упразднить и те законы, которые чтут евреи. Если когда-то случалось, что время, совершая свой круг, приносило их пасхальный праздник раньше христианского, он не позволял иудеям проводить его в надлежащее время, исполнять тогда священный долг перед Богом и совершать принятые у них обряды. И многих из них назначенные на должности лица наказывали большим денежным штрафом, обвинив в попрании законов государства, как вкусивших в это время мяса агнца».