Когда и как появились эти разделы, исследователи установить не могут. Уже в Вавилонском Талмуде приводится мнение, что содержание и последовательность разделов связаны с Ис. 33:6, но исследователи считают, что это маловероятно. В составе «Мишны» 63 трактата, но три трактата в разделе «Незикин» («Бава Камма», «Бава Мециа» и «Бава Батра») составляли прежде один трактат, одноимённый с разделом; в этом же разделе трактат «Маккот» («Удары») был частью трактата «Санхедрин» («Синедрион»). Поэтому считается, что трактатов 60 (отсюда истолкование всего корпуса раннераввинистической литературы на основе Песн. 6:8: «Есть шестьдесят цариц и восемьдесят наложниц и девиц без числа»). Исследователи отмечают, что последовательность трактатов внутри каждого раздела в рукописях может различаться. Обычно они располагаются, начиная с самого длинного (исключение – раздел «Зераим»). Современному читателю подчас крайне трудно понять, почему тот или иной трактат оказался в соответствующем разделе. Например, первый трактат «Мишны» – «Берахот» («Благословения») – открывает раздел «Зераим», поскольку в нём описывается, что иудей должен делать (как совершать благословения), прежде чем использовать плоды земли. Ещё сложнее исследователям объяснить местоположение трактата «Авот» (букв. – «Отцы») в разделе «Незикин». Исследователи полагают, что он оказался в этом разделе, поскольку затрагивает этические вопросы (в том числе, тему происхождения грехов и наказания за них). В «Мишне» не только обсуждаются имеющиеся в Торе заповеди и пути их исполнения, но и зачастую формулируются новые предписания, которые лишь косвенно связаны с тем или иным библейским текстом. В каждом трактате суждения представлены либо от лица анонимного составителя «Мишны», либо от лица мудреца или от школы, носящей его имя, либо из Священного Писания. Несмотря на вынесение в каждом случае некоего итогового решения, «Мишна» оставляет возможность для продолжения спора. Судя по языку, обилию специфической терминологии, риторике, которую могут понять только посвящённые, «Мишна» предназначалась, по мнению исследователей, для внутреннего использования в кругах раввинов, а не для народа. Без длительного изучения и специальной подготовки, без глубокого знания текста Священного Писания понять смысл сказанного в «Мишне» крайне затруднительно. Некоторые части «Мишны» изначально составлялись как письменные тексты, другие, по мнению исследователей, отражают устные собеседования. В целом текст «Мишны» построен таким образом, чтобы его удобно было «зазубривать». С исторической точки зрения исследователям трудно понять, почему в «Мишне» затрагиваются темы, связанные с Иерусалимским храмом и со священством (например, служение первосвященника в День искупления (Йом Киппур), правила принесения в жертву пасхальных агнцев, паломничество в Иерусалимский храм и т.п.), так, как будто храм по-прежнему существует и действует (при том что более актуальные аспекты жизни, например, погребение мёртвых, находятся на втором плане). Одни учёные полагают, что эти сведения подтверждают древность преданий, которые сохраняет «Мишна». Другие считают, что «Мишна» изначально была учебником теории, а не практическим руководством. Тем не менее, исследователи полагают, что её текст был составлен с надеждой на восстановление храма и богослужения (ведь первый храм Соломона тоже был разрушен, но затем восстановлен).