В апреле 1918 г., после издания Указа Правительства РСФСР «О национализации всех монастырей», пятый отдел по борьбе с религией Народного комиссариата юстиции приступил к ликвидации землевладения Зачатьевского монастыря; действующие храмы объявили приходскими, передав общинам. Около сотни сестёр выселили, часть монашествующих арестовали, остальные добровольно покинули монастырь. В Зачатьевском монастыре организовали трудовые артели-коммуны (швейную, ткацкую, хлебопекарню), ликвидированные в 1923 г. В 1918 г. решением Президиума Моссовета храмы Зачатьевского монастыря передали в ведение Главмузея, а решение Наркомпроса о придании монастырю статуса культурного, художественного и архитектурного памятника с последующим преобразованием его в филиал Новодевичьего монастыря приостановило разрушение церковных строений. Храмы неоднократно переходили от властей к церковной общине и наоборот. 1 сентября 1920 г. их передали общине (более 500 членов), куда вошли монашествующие (152 человека). В ходе государственных реквизиций церковного имущества с 21 марта по 5 апреля 1922 г. у Зачатьевского монастыря, невзирая на сопротивление музейных сотрудников, изъяли 32 золотника золотых и 17 пудов 46 фунтов серебряных изделий. В Зачатьевском монастыре разместились государственные учреждения, в том числе «Детский городок» Наркомпроса для сирот и беспризорников, где работали монахини (в старом трапезном корпусе и западных деревянных кельях). Большую часть келий заселили работниками МГУ, милиции, преподавателями и студентами медицинских клиник и др. Были полностью разобраны хозяйственные постройки, частично – монастырская ограда. Обновленческие структуры церковного управления пытались поставить Зачатьевский монастырь под контроль, присылая из Московского епархиального управления (МЕУ) указы финансового и справочно-административного характера; сохранилось постановление заседания МЕУ о запрещении в служении протоиерея Михаила Ивановского (арестован 8 октября 1930 г.) за неповиновение обновленцам (Центральный исторический архив Москвы). На начало 1923 г. пришёлся новый этап борьбы за ликвидацию Зачатьевского монастыря. Общину обвиняли в сокрытии церковных ценностей, использовании хлебопекарни для выпекания просфор, монархической пропаганде. Президиум Моссовета принял решение расторгнуть договор с общиной, передать храмы Сошествия Святого Духа и Нерукотворного образа Спасителя в ведение Главмузея, а храм Рождества Пресвятой Богородицы – в распоряжение Наркомпроса.