Для истории Зачатьевского монастыря конца XVI – XVII вв. существенно изучение некрополя, практически не известного до раскопок. Надписи на плитах восстанавливают круг семей, связанных с Зачатьевским монастырём. Это – бояре и дворяне известных фамилий («инока скимница Анисья Тимофеева жена Головкина», ум. 20 декабря 1596 г.; Феодосия Воронцова, Т.П. Макшеев, ум. 21 февраля 1634 г., и др.); высокопоставленные приказные (Феодосия Григорьевна, жена дьяка Авраама Кощеева); богатые торговцы или ремесленники («инока скимница... брон(н)икова жена» Василия Усольцова; ум. в 1596 г.). На кладбище похоронено втрое больше женщин, чем мужчин (32 надписи против 9); среди погребённых до конца XVII в. – 24 захоронения монахинь (из них 21 схимонахиня). Три плиты связаны с семьями священнослужителей: плита с надписью: «поп Иван Олексеевской а во иноцех Игна(тий)») – и две плиты с именами жён иереев (жены Тихона Максимова, ум. в 1654 г., и попадьи Наталии, «во иноцех» схимницы Неонилы, середина XVII в.). На своих местах сохранилось всего шесть плит, в основном, вблизи церкви в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина», в их числе часть плиты схимницы конца XVI – начала XVII вв. Кладбище заняло всю соборную площадь, но изначально развивалось с северо-запада на восток и на юг, где на небольшой вершине приречного холма сохранились следы деревянного храма XIV в. На юго-западе, в зоне жилых построек, вокруг места почитания погребений преподобных Иулиании и Евпраксии, отмеченного в конце XVI в. каменной палаткой, тогда же возник новый участок кладбища (полностью археологически изучен, дата постройки палатки подтверждена обнаружением слоя её строительства и совершёнными вокруг неё погребениями c плитами 1590 гг.). О существовании палатки до постройки церкви в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина» свидетельствует и прошение Анны Митрофановны Аничковой о строительстве последней: «...В давних годех построена каменная палатка, в которой погребены святителя Алексия… родные сестры». Археология позволяет отделить палатку конца XVI в. от остатков палатки, упоминаемой А.М. Аничковой. Открытие палатки конца XVI в. подтверждает существование почитания этого места в начале 1590 гг., на что косвенно указывалось в надписи на надгробии сестёр в церкви в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина» в Зачатьевском монастыре, зафиксированной в 1781 г.: «…В силу Указа Св. Синода о мужских и женских монастырях по какому случаю и дозволению построены и какия в них были достопамятныя происшествия в Московской духовной Консистории представлены надгробном камне надпись такова в 7100-м году на сем месте погребено тело бывшей первой игумении Улеянеи, сестра родная старица Евпраксия, а по роду сестра родная чудотворцу Алексию…» (копия 1798 г. со списка 1781 г. – Центральный исторический архив Москвы).