В 1768 г. на средства вдовы Софьи Модестовны Аничковой, сестры белицы-ктиторши, была выстроена каменная трапезная. После пожара 1812 г. церковь восстановили и освятили (1816 г.). В 1887 г. её разобрали, а престол перенесли в придел церкви Казанской иконы Божьей Матери. Во время археологических работ в начале XXI в. внутри четверика церкви под остатком постамента для надгробий основательниц монастыря было открыто основание каменной поминальной «палатки» (начало 1590 гг.), которая обозначала юго-западный угол соборной площади. Это было небольшое (около 1,4×1,8 м) прямоугольное сооружение из маломерного кирпича (21×11×5 см) на известковом растворе. Сохранилась кладка «в один кирпич», опущенная в грунт на два ряда от древней поверхности. Дата постройки подтверждена надписью надгробия «Антониды Терентьевой дочери (ум. 21 мая 1592 г.)», лежавшего непосредственно на слое извести времени строительства. III. Церковь в честь Нерукотворного образа Спасителя была построена в 1696 г. вместо существовавшей со времён царя Алексея Михайловича (1645–1676 гг.) часовни Всемилостивого Спаса над св. воротами на средства стольника Андрея Леонтьевича Римского-Корсакова и его супруги, урождённой княгини Марии Фёдоровны Шаховской (их особняк находился на землях Зачатьевского монастыря) в качестве домового храма и усыпальницы. Храм типичен для нарышкинского стиля – восьмерик на четверике, с небольшой трапезной и трёхчастным алтарём. Богослужения в нём отправляли священники Зачатьевского монастыря по договору из руги, получаемой от Римских-Корсаковых, которые также обеспечивали храм церковной утварью. По указу о «затворении девичьих монастырей» (1722 г.) Спасскую церковь объявили приходской и устроили крыльцо (1724 г.) со стороны улицы, что дало возможность Римским-Корсаковым приглашать сторонних священников для совершения богослужений и треб. Настоятельницы Зачатьевского монастыря  в результате длительных тяжб добились причисления храма к обители (1773–1775 гг.). IV. Церковь в честь Сошествия Святого Духа при богадельне была построена на средства белицы монастыря Варвары Михайловны Головиной (1846–1850 гг., архитектор Михаил Доромедонтович Быковский). Небольшой однопрестольный одноглавый двухэтажный храм в скромном варианте византийского стиля был поставлен близко к колокольне, на одной оси с соборным храмом, чем М.Д. Быковский стремился создать равновесие двух групп сооружений в монастырском ансамбле. С запада к храму был пристроен корпус, на нижнем этаже которого помещались богадельня, столовая и кухня, а на верхнем – ризница и покои В.М. Головиной. Одноэтажная боковая пристройка к корпусу богадельни в 1910 г. была надстроена вторым этажом. V. Церковь в честь Казанской иконы Божьей Матери (1887 г., архитектор Александр Алексеевич Никифоров) возведена по ходатайству и на средства купчихи второй гильдии А.А. Смирновой.