В начале ХХ в. в состав храмов Зачатьевского монастыря вошли приписная церковь Воскресения словущего на Остоженке (XVII в., 1831 г., не сохранилась) и новопостроенная деревянная церковь Покрова Пресвятой Богородицы на подворье в деревне Барвихе Звенигородского уезда (1911 г., архитектор Александр Афанасьевич Латков, не сохранилась; восстановлена по первоначальному проекту, 1998 г.). I. Собор в честь Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы. Раскрытые раскопками фундаменты ориентировочно относятся к зданию конца XVI в., разобранному при строительстве собора в начале XIX в. Храм ориентирован на восток с небольшим отклонением к северу. Размеры 17×11 м; изнутри четверик 9×9 м (в чистой кладке больше), ширина стен в чистой кладке около 2 м; наличие боковых апсид исследователи считают вероятным, но не доказаным; ширина фундамента стен до 3 м. Фундаменты (сохранность до 1,2 м) заложены в материковый песок и опирались на сваи; в центральной апсиде в забутовку введены брёвна-лежни. Кладка бутовая из известняка (12-20×20-35 см, в том числе части надгробий с орнаментом XVI в.) на известковом растворе. Стены храма были из кирпича размером 30-31×13,5-14×7-8 см. Судя по схематичному изображению на лубке начала XVIII в., это был монументальный храм с пятиглавием на горке кокошников, большой трапезной и колокольней по оси. Сметы на ремонт указывают, что до пожара 1752 г. его пятиглавие было деревянным, а затем восстановлено в камне: «...По осмотру явилось: в том монастыре на церкви пять глав каменных и на всех кресты поставлены, одна из них крайних покрыта черепицею, среднюю главу начали опаивать жестью». Храм был бесстолпным (Российский государственный архив древних актов), его освещали шесть слюдяных окон, так же как и алтарь, что говорит о трёхчастности последнего. При храме была каменная трапезная, опиравшаяся на столбы (Центральный исторический архив Москвы) и соединённая с тёплым приделом Феодора Стратилата. Аргументом в пользу того, что придел был тёплым, является следственное дело 1766 г. о краже утвари: «И сего июня 1 дня в поздния обедни шёл мимо церкви Феодора Стратилата…, в которой вошед стоял… умыслил он, будучи в тёплой церкви, что-нибудь украсть» (Сборник материалов для VIII-го Археологического съезда в Москве / Сост.: И.Ф. Токмаков. М., 1889 г.). С запада к трапезной примыкала колокольня высотой около 30 м (Центральный исторический архив Москвы), нижний ярус которой представлял собой открытую паперть. С юга и севера у храма было два крытых крыльца. В 1790 гг. было получено разрешение построить новую трапезную вместо обветшавшей старой. При этом игуменья Доримедонта решила восстановить престол святителя Алексия, митрополита Московского, указанный в грамоте 1623 г. Несмотря на первоначальный отказ митрополита Платона (Левшина), разрешение было получено 19 октября 1798 г.