На базе фрагментов архитектуры и коллекции предметов, собранных при раскопках, в настоящее время в Зачатьевском монастыре формируется монастырский музей-реликварий. Его основу составляет лапидарий: кирпичные и каменные кладки фундаментов соборов XVI–XIX вв., сохранённые на особых постаментах в подклете возводимого собора, и надгробия XIV–XVIII вв. Среди экспонатов – погребальные сосуды для елея XIV–XVIII вв.; волосники (головные уборы замужних женщин) XVI – начала XVII вв.; редкие образцы энколпионов XV в. (маленькая медная иконка с оглавием, двустворчатый крест-реликварий, резной по кости образок св. Никиты); нательные кресты металлические (крест конца XVII (?) в. с владельческой надписью Петра Андреевича Зиновьева), из камня, дерева и слюды в оправе (резной по янтарю крест с рельефным распятием; деревянный крест-мощевик с изображением Богоматери, XVII–XVIII вв.), собрание чёток из стекла, дерева и кости; вериги XVII – начала XVIII в. В жалованной грамоте 1623 г. упоминается, что при Фёдоре Ивановиче в Зачатьевском монастыре был построен Зачатиевский собор с приделами во имя Феодора Стратилата и великомученицы Ирины, а также храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделом Московского митрополита Алексия. В какой конфигурации и в каком материале были построены храмы (кроме соборного) – исследователям не известно. При пожаре 1611 г. деревянные здания монастыря сгорели, каменные должны были пострадать. Первым 11 августа 1621 г. был освящён храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделом (Российский государственный архив древних актов); исследователи находят примечательным, что в 1630–1640 гг. из монастыря приходили к патриарху не только в день Зачатия, но и в день Рождества Пресвятой Богородицы. 11 ноября 1630 г. был освящён главный престол собора в честь Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы (Российский государственный архив древних актов), 6 июля 1631 г. – его приделы («в Зачатейской девич монастырь что за Чертолскими вороты в церковь Федора Стратилата да в церковь мученицы Ирины что в пределе у Зачатия Святые Анны на освящение...» – Российский государственный архив древних актов). Судя по выдаче ладана 30 июля 1653 г., через двадцать лет эти престолы потребовалось заново освятить. В 1696 г. была сооружена каменная надвратная церковь в честь Нерукотворного образа Спасителя. В начале XVIII в. именная подушная книга из пяти престолов фиксирует лишь Зачатиевский и Феодора Стратилата; как во второй половине XVII в. сложилась судьба трёх других (Рождества Пресвятой Богородицы, великомученицы Ирины и святителя Алексия) – в настоящее время исследователя неясно.