Храм соединил соборный комплекс с церковью в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина», был пристроен к собору западнее придела Феодора Стратилата, при этом пришлось разобрать алтарь первой, соединив её с объёмом новой постройки и перенеся престол в алтарь церкви в честь Казанской иконы Божьей Матери (с сохранением дня празднования иконе Божьей Матери «Неопалимая Купина»). Этот храм – единственный в соборном комплексе XIX в., имевший частично сохранившуюся и благодаря этому археологически изученную подземную часть – зал 12×7,5 м. VI. Другие постройки. Первые каменные кельи, игуменские, были построены в конце XVII в. по традиции рядом со св. воротами. Они состояли из бесстолпной палаты с подклетом и пристроенных к ней деревянных жилых покоев. В 1752 г., после пожара, их перестроили, в 1840 гг. надстроили вторым этажом. В первой четверти XIX в. на месте деревянных келий черниц и белиц вдоль северной ограды возвели одноэтажный сестринский корпус из двух строений, каменного и деревянного. В 1887 г. из них был образован протяжённый каменный сестринский корпус (Центральный исторический архив Москвы). Тогда же восточнее возвели двухэтажное здание келий с нижним каменным и деревянным (оштукатуренным) вторым этажом. В первой трети XIX в. западнее была построена каменная трапезная, на втором этаже (1844 г.) – монашеские келии. В 1830 гг. в юго-восточном углу территории был сооружён одноэтажный каменный корпус для монастырских служителей. В начале ХХ в., когда была возведена келейно-хозяйственная пристройка (на месте деревянных келий), основной корпус стали занимать монастырские сёстры. В 1909 г. вдоль восточной линии стены вместо деревянных келий был построен новый трапезный корпус с палатой на 300 человек, кельями, мастерскими, квасной и хлебопекарней (архитектор Александр Афанасьевич Латков). В оформлении этого сооружения соединены мотивы русского, неорусского и византийского стилей. В начале ноября 1917 г. красногвардейцы и революционные солдаты захватили Зачатьевский монастырь и начали отсюда и от Крымской площади штурм штаба Московского военного округа (во дворце Всеволожских, Пречистенка, д. 7). На колокольне Зачатьевского монастыря и в церкви Воскресения Христова (Новой) на Остоженке были установлены огневые точки. В обители объявили чрезвычайное положение, запретив монашествующим выход за ограду и ограничив передвижение в стенах монастыря. В 1918 г. с целью защиты святынь и богоугодных заведений Зачатьевского монастыря игуменья Мария под покровительством патриарха Тихона основала братство во имя иконы Божьей Матери «Милостивая». При нём были образованы амбулатория и библиотека, велись курсы Закона Божия, хорового пения, лекции-беседы.