В XIX в. плиты покрывали две рамы, на которых «на полотне» находились изображения сестёр святителя Алексия (Метрика для императорской Академии Художеств. 1887 г. // Центральный исторический архив Москвы). Таким образом, исследователи ставят вопрос о почитании места погребения сестёр-инокинь Московского митрополита Алексия в Зачатьевском монастыре не позднее чем с конца XVI в. Монастырская традиция отождествляет первоначальницу московского Алексиевского монастыря с алексиевской игуменьей Ульяной «от града Ярославля», упоминаемой в выписке Николая Михайловича Карамзина под 1393 г.: «Того же лета (6901 [1393]) по Велице дни на четвертой недели в субботу на ночь преставися игуменья Алексиевская Ульяна от града Ярославля, дщи некоего богата родителя и славна, сама же зело благобоязлива, чернечествовавши лет боле 30 и игуменья бывши 90 черницам и общему житью женскому начальница сущи, и многим девицам учительница бывши, и за премногую добродетель любима бысть от всех и почтена всюду, и положена подле церковь» (в известных летописных сводах текст отсутствует, исследователи возводят его к Троицкой летописи, утраченной в 1812 г.). Отнесение известия о смерти игуменьи Иулиании к Алексиевскому монастырю на Остоженке позволяло писавшим о монастыре сдвигать момент его появления здесь к 1363 г. К такой трактовке и восходят даты основания обители, предложенные в XIX в.: 1358 и 1360 гг. (последняя из дат в настоящего время принята в Зачатьевском монастыре за основную). О «игумении Юлии, монахини Евпраксии» сообщают тексты синодиков, датированных XVII в. (?) (нижегородского Благовещенского и Стефанова Махрищского монастырей). Новая зона погребений сложилась также к востоку-юго-востоку от каменного собора (после 1514 г.). Эти зоны сохранялись до XVIII в., но в 1766 г. кладбище у палатки перекрыла церковь в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина», а часть западного участка – апсида собора Рождества Пресвятой Богородицы (1807 г.). К XVIII в. зоны кладбища были объединены, заняв огромный участок. Погребения совершались в сводчатых кирпичных склепах, их ряды идут по линии «север-юг»: два ряда к востоку от собора Рождества Пресвятой Богородицы и ряд у церкви в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина». Памятники XVIII в. (около 30, самый поздний – 1770 г.) напоминают по форме гроб с текстом эпитафии на торце в простой рамке (плита схимницы Анны (Рудаковой); ум. 20 июля 1720 г.) и надгробия в виде саркофагов, также принадлежавшие схимонахиням и светским лицам. Кладбище Зачатьевского монастыря закрыли в связи с эпидемией чумы (1771 г.) по указу о запрете захоронения умерших в черте города.