К началу XVIII в. облик Зачатьевского монастыря известен исследователям по материалам раскопок, по изображению на раскрашенной лубочной картине «Москва с монастырями» (начало XVIII в.) и некоторым документам, в том числе картографическим. Так, Зачатьевский монастырь представлен на планах Москвы Ивана Фёдоровича Мичурина (1739 г.), 1767 г. (копия 1768 г. – Российский государственный военно-исторический архив), фиксационном 1774–1775 гг. (проектная копия 1782–1784 гг. – Российский государственный архив древних актов), 1806–1808 гг. (Российский государственный военно-исторический архив; Генеральный план города 1813 г.) и в «Профилях с показанием окрестных зданий» художника Ф.К. Соколова (1806–1808 гг. – Российский государственный военно-исторический архив), в описании 1763 г. прапорщика Павлова от Комиссии по составлению точной описи всех церковных земель и доходов, созданной указом императрицы Екатерины II. Согласно описанию, в Зачатьевском монастыре кроме церквей и древней палатки над могилами преподобных Иулиании и Евпраксии каменными были игуменские кельи и ограда вокруг монастыря, а деревянными – 54 кельи, казённая сторожка и богадельня для шести монахинь (Российский государственный архив древних актов). В каменной ограде кроме св. ворот были так называемое задние ворота (перестроены в начале XX в. – Центральный исторический архив Москвы). В 1766–1768 гг. была построена церковь в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина» с трапезной, в конце XVIII – начале XIX вв. сложился комплекс нового собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы с трапезной, приделами и колокольней. В 1846–1850 гг. была сооружена церковь в честь Сошествия Святого Духа, а в 1887 г. церковь в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина» была включена в состав новой в честь Казанской иконы Божьей Матери. Таким образом, к концу XIX в. Зачатьевский монастырь имел три отдельные церкви: соборную в честь Рождества Пресвятой Богородицы с приделами и колокольней, Сошествия Святого Духа с богадельней и надвратную приходскую Нерукотворного образа Спасителя. По правую сторону св. ворот располагались каменные настоятельский корпус и двухэтажный корпус с общей трапезной и кельями. По левую сторону – каменные корпус для священнослужителей и сестёр, ещё один келейный и одноэтажный богаделенный корпуса. По восточной, южной и западной стенам стояло 18 собственных деревянных келий монашествующих (две из них сохранились до настоящего времени). В юго-восточном углу находились деревянные задние ворота и небольшой каменный одноэтажный корпус для служителей, а затем сестёр.