После пристройки трапезной с двумя приделами оказалось, что старая церковь «не соответствует в высоте своим препорциям». В 1799 г. было решено возвести новый собор, причём игуменья Доримедонта и здесь пожелала восстановить древний придел Рождества Пресвятой Богородицы, «поелику оному пределу и по жалованной сему монастырю государя… Феодора Иоанновича грамоте быть повелено и хотя еще онаго не было сооружено, но в день Рожества Богородицы всегда в монастыре празднество и водоосвящение бывает». Собор был построен в 1804–1807 гг. (Клировая ведомость 1826 г. // Центральный исторический архив Москвы), и престол Рождества Пресвятой Богородицы стал главным, а престол Зачатия праведной Анной Пресвятой Богородицы перенесли на хоры. Таким образом, в пределах собора была восстановлена почти вся сакральная топография Зачатьевского монастыря конца XVI в. Собор Зачатьевского монастыря ориентировался на «готический вкус» русской архитектуры последней трети XVIII в. Высокий четверик был завершён гранёным куполом на относительно невысоком прямоугольном в плане барабане со срезанными углами. Продолжением башнеобразных выступов по краям четверика служили высокие пинакли, заменявшие традиционные боковые главы. На лишённых украшений стенах выделялись высокие стрельчатые окна. Новая колокольня (1812? г.) была поставлена напротив западного фасада храма и связывалась с собором узкой галереей на бочкообразных столбах. Она была выдержана в стилистике собора: на мощном восьмигранном основании колокольни возвышались два восьмерика со стрельчатыми проёмами звона, увенчанные напоминающим шатёр завершением. Исследователи находят примечательным, что при закладке нового собора его разместили так, что центральная апсида предшествующего храма оказалась охваченной новыми фундаментами. Эта апелляция к святости и древности старого собора укладывается и в общую концепцию зодчего, проектировавшего собор в соответствии с формами русского средневекового храма в «готических» стилевых мотивах, естественных для конца XVIII в. На основании архитектурного стиля собора его авторство иногда приписывали Матвею Фёдоровичу Казакову, архитектором колокольни называли его сына – М.М. Казакова, которого также считали автором собора. Собор был расписан в XIX в., в 1910 г. роспись поновлялась «в живописном вкусе». По страховой оценке 1910 г., «стены внутри церкви оштукатурены и выкрашены масляной краской» (Российский государственный исторический архив). II. Церковь в честь иконы Божьей Матери «Неопалимая Купина», небольшая, одноэтажная, была построена в 1766 г. (освящена 11 октября) на почитаемом в XVII–XVIII вв. в Зачатьевском монастыре месте погребения преподобных Иулиании и Евпраксии на средства белицы монастыря Анны Михайловны Аничковой. 22 июля 1765 г. она написала в прошении, что в «давних годех построена каменная палатка в которой погребены святителя Алексия… родные сестры», над которыми «ни демественного пения, ни поминовения не бывает... желает палатку разобрать и построить церковь Неопалимой Купины для поминовения каменную…» (Центральный исторический архив Москвы).