Одновременно Михаил был попечителем Жировичского женского народного училища. Почти при всех церквах Минска были устроены или обновлены народные школы, чаще всего – начальные школы грамоты, значительно реже – воскресные школы; учреждались церковные попечительства. Преподавали в училищах священники и причётники, своих помещений школы обычно не имели. Книги поступали от Комитета грамотности, Дирекции народных училищ, от писателя Ивана Сергеевича Аксакова. В более чем 500 школах числились 11 тыс. учеников. В августе 1858 г. министр государственных имуществ Михаил Николаевич Муравьёв во время ревизии посетил Минск. Его сопровождали Михаил и католический епископ Минский Адам Войткевич, давний приятель Михаила и архиепископа Антония. М.Н. Муравьёв упрекнул православное духовенство в небрежном содержании церквей и доведении их до разрушения, а латинское похвалил, подчеркнув, что господствующее вероисповедание не получает помощи от правительства. Осенью 1858 г. Михаил встречал в Минске императора Александра II Николаевича. В августе 1859 г. беседовал с братом императора великим князем Николаем Николаевичем Старшим, владельцем большого имения в Минской губернии, о задачах народного образования в этой местности. Великий князь доброжелательно выслушал предложения Михаила о снабжении народных школ в Борисовском уезде «книжками для крестьян», напечатанными «польскими литерами», и о непосредственном обучении крестьян польскому языку силами местной интеллигенции. В 1859 г. Михаил выпустил циркуляр о том, что духовенству необходимо проповедовать трезвый образ жизни в народе. 21 ноября 1860 г. митрополит Иосиф (Семашко), Михаил и Брестский епископ Игнатий (Железовский) в виленском Троицком монастыре возвели в сан епископа Ковенского архимандрита Александра (Добрынина). Михаил покровительствовал Даниилу Конопасевичу, которого в 1856 г. рукоположил во диакона и во иерея, а затем определил служить в Крестовоздвиженской церкви местечка Богушевичи Игуменского уезда. Когда Даниил Конопасевич оказался в бедственном положении, Михаил добился выделения ему единовременного пособия в 30 руб. серебром от Синода, поддерживал его в противостоянии помещику Болеславому Чеславовичу Свенторжецкому. В 1862 г. церковь сгорела. 23 мая 1863 г. священник был повешен на воротах своего дома повстанцами. Священник Даниил Конопасевич (как и дьячок Федор Юзефович) со временем стали почитаться в епархии как «мученики, за веру и отечество умерщвлённые мятежниками». В кафедральном соборе Михаил всенародно отслужил панихиду, а построенный в Богушевичах Свенторжецкими каменный костёл (1862 г.) после конфискации имения был в 1864 г. передан православно-духовному ведомству и к 1868 г. перестроен под православную церковь. 22 иконы для неё написал московский мастер Е.Е. Зотов, который работал в то время по приглашению Михаила в Минской епархии.