Так, в 1859 г. он выражал недовольство проектом распространения православия среди евреев, выдвинутым учителем местной православной семинарии Яковом Александровичем Брафманом. С сожалением Михаил записывал в конце 1860 г. дошедшие до него слова императора виленскому губернскому предводителю дворянства: «Скажите своим, что Литва не Польша и никогда не будет с Польшею. Скажите, чтобы знали за границею». Состояние Минской епархии после 1863 г. оставалось очень тяжёлым, было много проблем, главное из которых – положение дел в приходах, перешедших из унии. Виленский, ковенский, гродненский и минский генерал-губернатор, главный начальник Витебской и Могилёвской губерний и командующий войсками Виленского военного округа (1866–1868 гг.) граф Эдуард Трофимович Баранов отправил обер-прокурору Синода Дмитрию Андреевичу Толстому конфиденциальное письмо о необходимости сместить Михаила, ограничившись указанием на «слабое смотрение» за духовенством, «происходящ[ее] от преклонности лет преосвященного». Уровень дисциплины в приходском духовенстве резко упал с появлением опасности перехода новообращённых в католицизм, и потребовалось назначить в Минск «более энергического православного Архипастыря». Архиерея обвиняли также в непотизме: он состоял в родстве со многими священнослужителями. 23 января 1868 г. Михаил, согласно поданному прошению, был уволен на покой. Он просил митрополита Иосифа (Семашко) дозволить ему пребывать в Жировицком монастыре, где Михаил проживал и раньше; митрополит ответил, что не возражает. 2 июня Михаил в последний раз в кафедральном соборе совершил воскресное богослужение. В проповеди признался, что многие его «желания и намерения, клонящиеся к утверждению православной веры, к просвещению духом веры и благочестия пасомых, не вполне достигали своей цели; многие предприятия ещё не приведены к концу», что «всем сердцем любил духовенство Минской епархии». 17 февраля 1868 г. в письме флигель-адъютанту Петру Александровичу Черевину П.Н. Шелгунов под впечатлением от новости об удалении Михаила на покой выразил неудовольствие тем, что архиереи из бывших униатов в отличие от большинства других десятилетиями занимали свои кафедры. Тем не менее, губернатор ходатайствовал о назначении Михаилу достойной пенсии – из уважения к его заслугам как помощника «воссоединителя» Иосифа (Семашко). Михаилу было назначено ежегодное содержание в 5 тыс. руб. 29 ноября 1868 г. в кафедральном Никольском соборе города Вильны Михаил участвовал в отпевании митрополита Литовского и Виленского Иосифа (Семашко). В том же году служил в Троицком соборе города Слонима. Похоронен в Жировицком монастыре, в крипте храма в честь Явления Жировицкой иконы Божьей Матери; могила сохранилась. Портрет Михаила представлен в галерее западнорусских иерархов, написанных академиком Иваном Фомичом Хруцким для митрополита Иосифа (Семашко). 3 сентября 2012 г. Синод Белорусского экзархата принял решение о ежегодном молитвенном заупокойном поминовении потрудившихся в деле воссоединения белорусских униатов с Матерью-Церковью, в том числе Михаила. Датой поминовения назначено 23 ноября (6 декабря), день кончины митрополита Иосифа (Семашко).