После смерти жены 27 июня 1839 г. М.А. Голубович был пострижен в монашество, 29 июня возведён в сан архимандрита и определён настоятелем Бытенского Петропавловского монастыря (современная Брестская область). Таким образом епископ Иосиф (Семашко) стремился «усилить торжественность архиерейского богослужения в Вильне». 27 августа епископами Виленским Иосифом (Семашко), Полоцким Исидором (Никольским) и викарным епископом Брестским Антонием (Зубко) в Жировицком монастыре Михаил был наречён епископом Пинским, викарием Литовской епархии, 8 сентября того же года хиротонисан в виленском в честь Сошествия Святого Духа на апостолов монастыре. 12 сентября Михаил отправился в Жировицы. В то же время Литовская и Виленская епархия, состоявшая практически полностью из бывших униатов, получила статус второго класса. В письмах 1839–1845 гг. высокопреосвященный Иосиф (Семашко) давал практические рекомендации Михаилу: провести «окончательную рассортировку» бытенской братии и служить как можно чаще в Бытене и Жировицах (29 сентября 1839 г.), привести «в законную форму» дела о канцелярских служителях (15 ноября 1839 г.). В одном из ответных писем (от 14 ноября 1839 г.) Михаил писал, что в Бытене он «больше не будет», пока архиепископ Иосиф (Семашко) не «очистит» монастырь от нескольких упорствующих иноков, хотя он и «не имеет права на расположение» архиепископа, «каким пользуется высокопреосвященный Антоний». В своих письмах Михаил, в основном, касается предполагаемых им перемещений тех или иных кандидатов. Например, 31 октября 1840 г. он просил перевести из Бытеня в Вильну игумена Иоасафа (Вышинского), который «переел здесь всех кур и индеек… Таким продовольствием, какого он требует, я прокормил бы троих Пинских епископов». Архиепископ Иосиф (Семашко) анализировал характеристики Михаила на «священников-епитимистов» – противников упразднения унии, которых «надобно скорее сбыть с рук», и распоряжался их дальнейшей участью, включая высылку «неблагонадёжных» в монастыри Великороссии. Архиепископ Иосиф (Семашко) советовал Михаилу «очиститься уже совершенно от папистов» и неблагонравного духовенства, причём иной раз при помощи светской власти. Архиепископ многократно напоминал о необходимости того, чтобы вверенное ему духовенство, включая Михаила, отращивало бороды. Вопрос о бороде был деликатным для сторонников «воссоединения», поскольку сам архиепископ Иосиф (Семашко) до 1842 г. (как и Михаил) не имел бороды (и не носил постоянно рясу). По мнению Михаила (высказанному в письме его учителю, католическому епископу Брестскому Анджею Бенедикту Клонгевичу, от 27 ноября 1840 г.), «немного найдётся римско-католических духовных лиц, которые не были бы напитаны фанатизмом. Дайте им только волю, и времена иезуитские тотчас возвратятся». Он приводил в пример запрет прихожанам-католикам посещать «схизматические» церкви под угрозой проклятия. 28 января 1840 г. Михаил был наречён епископом Брестским, викарием Литовской епархии. В том же году Михаилу было подчинено духовенство Минской епархии, которое архиепископ Иосиф (Семашко) предложил ему «приласкать», «чтобы они не могли считать себя преданными чуждой власти». «Я знаю благородный ваш образ мыслей – но счёл не лишним предостеречь вас по сему предмету», – писал он 24 февраля 1840 г.