Епископ Минский и Бобруйский Антоний (Зубко), «утомлённый от напряжённых трудов», уже в 1841 г. просил отправить его на покой. По указанию архиепископа Иосифа (Семашко) на его место 1 марта 1848 г. был определён Михаил. 19 апреля 1853 г. он был возведён в сан архиепископа. Большое внимание Михаил уделял делу просвещения. С первых же дней управления Минской епархией занялся устройством духовных училищ. В сентябре 1848 г. Синод принял решение не закрывать Слуцкое духовное училище, но перевести его в Пинск, что предполагал сделать епископ Антоний (Зубко) и с чем не согласился Михаил, несмотря на крайнюю тесноту и аварийное состояние четырёх из шести помещений училища. В келейном корпусе пинского Братского в честь Богоявления монастыря, где находилось народное училище, разместили только казённокоштных учеников Слуцкого училища. Вместе с тем было переведено в Пинск духовное училище при Ляданском в честь Благовещения Пресвятой Богородицы монастыре, фактически лишённое собственных помещений. В Пинск передали его денежные средства, архив и библиотеку. Тем самым было положено начало Пинскому духовному училищу, которое в 1857 г. разместилось в двух каменных домах в монастырской ограде. В Минске на Александровской ул. на казённые средства было построено новое, более вместительное здание семинарии, переведённой в 1840 г. из Слуцка. В постройке принимал участие коллежский асессор, минский епархиальный архитектор (с 1846 г.) Осип Андреевич Вылежинский (ум. в 1869 г.). Уникальным примером частной инициативы в сфере женского духовного образования в Белоруссии было открытие Паричского училища для девиц духовного звания, пользовавшегося активной поддержкой архиепископа. В 1860 г. Марья Яковлевна Пущина (урождённая Подкользина, 1812–1895 гг.), выпускница Санкт-Петербургского женского патриотического института, жена генерал-майора (с 1865 г.), бывшего декабриста Михаила Ивановича Пущина, основала учебное заведение в имении мужа местечке Паричи Бобруйского уезда (ныне посёлок Светлогорского района Гомельской области). 17 июня 1860 г. М.Я. Пущина сообщила Михаилу, что императрица Мария Александровна и Августейшие дети 6 июня пожертвовали 1300 руб. на содержание училища, а в конце августа 1860 г. императрица согласилась наименовать его в честь равноапостольной Марии Магдалины. Государыня стала покровительницей училища, средства поступали ежегодно, в том числе и от частных лиц, например, москвича, почётного гражданина Михаила Леонтьевича Королёва (4 тыс. руб.), свояченицы основательницы Евдокии Ивановны Бароцци-Пущиной (2 тыс. руб., по завещанию). К 1 сентября 1860 г. был определён первоначальный штат воспитанниц из 25 дочерей беднейшего местного православного духовенства, и в праздник Рождества Богородицы Михаил возглавил церемонию открытия. 10 октября 1862 г. по благословению Михаила для заведования делами училища был учреждён комитет при Минской духовной консистории. К 1863 г. на средства М.И. Пущина была построена в русском стиле церковь во имя святой Марии Магдалины, освящённая Михаилом 13 ноября (разрушена в 1970 гг.; в 1991 построен новый храм).