Среди разнородных работ Михаила Пселла для него самого богословие и философия имели первостепенное значение. Михаил Пселл, прежде всего, считал себя философом. При этом в его наследии христианское богословие и философия, в основном, связанная с изучением трудов античных авторов, тесно переплетены и рассматриваются исследователями, как правило, совместно, в одних и тех же сочинениях, но богословие и философия у Михаила Пселла не составляли неразрывного единства. Продумывая композицию своих сочинений, Михаил Пселл стремился демонстрировать обе сферы знания слитыми воедино, перемешивал идеи античных философов и отцов церкви. Однако различные противоречия между ними Михаил Пселл отчётливо осознавал и не скрывал их перед учениками, так что в течение жизни неоднократно подвергался обвинениям в излишних симпатиях к языческой мысли и от этих обвинений должен был оправдываться. Амбиции самого Михаила Пселла простирались столь далеко, что он называл себя восстановителем платонизма, который начал изучение древней мысли едва ли не с нуля, в то время когда в Византии это знание было уже почти потеряно. Многочисленные попытки исследователей охарактеризовать собственный оригинальный вклад Михаила Пселла в богословскую и философскую мысль до настоящего времени не принесли убедительных результатов. Абсолютное большинство его трудов в этой сфере носят учебный характер. В соответствии со статусом Михаила Пселла они предназначались для работы с учениками, будь то царственные юноши из фамилии Дук или ученики Константинопольской высшей школы. Этими же дидактическими соображениями было продиктовано и использование Михаилом Пселлом как прозаических, так и стихотворных жанров. Очевидно, предполагая, что важные для обучения богословию и другим наукам сведения могут лучше запоминаться именно в стихах, Михаил Пселл охотно брался за создание подобных сочинений. В связи с этим прижизненная и посмертная слава Михаила Пселла в Византии, в основном, связана с тем, что он действительно был выдающимся преподавателем, внёс большой вклад в развитие византийской школьной культуры и был способен к созданию большой научно-теоретической школы. В ряде сочинений Михаила Пселла появляется мысль о том, что путь к познанию христианской истины, хотя она и выше разума, идёт через упражнения разума в силлогизмах. Подобные суждения создают резкий контраст между Михаилом Пселлом и западноевропейскими схоластами его эпохи. Но исследователям известно и опирающееся на патристическую традицию утверждение Михаила Пселла о том, что подлинными философами являются не те, кто исследуют сущность вещей, но и монахи, занимающиеся аскезой. Взгляды Михаила Пселла носили эклектический характер и не выстраивались в какую-либо строгую систему иерархии. Исследователи полагают, что сам Михаил Пселл избегал преувеличивать значение систематического подхода к знанию; неизменно колеблясь во множестве вопросов и будучи готов принять то одно, то другое утверждение, он всегда имел в виду несколько различных возможностей для движения мысли. Среди богословско-философских работ Михаила Пселла наиболее значителен, по мнению исследователей, трактат «Всестороннее учение» («Многоразличная наука»), посвящённый императору Михаилу VII Дуке и предназначенный для обучения одновременно основам христианского вероучения и античной философии. Как и большинство других подобных трудов Михаила Пселла, трактат состоит из суммы конспектов из различных источников. Главы 1–20 являются суммой тезисов, отражающих основные принципы православного вероучения, взятых большей частью из трудов преподобных Максима Исповедника и Иоанна Дамаскина; главы 21–30 из «Основоположений богословия» Прокла, главы 31–36 из комментария Прокла к первому трактату первой «Эннеады» Плотина, главы 37–46 из комментария Симпликия к трактату Аристотеля «О душе», главы 51–54 из комментариев Прокла к «Тимею» Платона, главы 139–150 из комментария Олимпиодора к «Метеорологикам» Аристотеля.