В июле 1054 г., когда произошло разделение церквей, и в Константинополь прибыло посольство от папы Римского, Михаил Пселл принял участие в переговорах между императором и патриархом Михаилом I Керуларием. Он был в числе депутатов, вручавших императорское послание патриарху; Константин IX Мономах безуспешно надеялся добиться от Михаила I Керулария толерантной позиции по отношению к латинянам. Михаил Пселл принял монашество в конце лета или осенью 1054 г., после перенесённой им тяжёлой болезни, а после смерти императора Константина IX Мономаха в начале 1055 г. отправился в монастырь на Олимпе Вифинском. Однако, пробыв в монастыре несколько месяцев и не найдя в себе сил для аскетического подвига, Михаил Пселл воспользовался настойчивыми приглашениями императрицы Феодоры, чтобы вернуться в столицу. К 1056 г., уже будучи монахом, он вновь занял видное положение при дворе, несмотря на то что некоторые жители Константинополя и придворные осуждали его за столь противоречивший его сану образ жизни. При императоре Михаиле VI Стратиотике (1056–1057 гг.) Михаил Пселл оказался в центре политических событий. Летом 1057 г. теряющий поддержку константинопольцев и военного сословия император поручил Михаилу Пселлу, Константину Лихуду и Феодору Алопу отправиться на переговоры с полководцем Исааком I Комнином (император в 1057–1059 гг.), поднявшим мятеж в Малой Азии. Миссия не увенчалась успехом, т.к., с одной стороны, Исаак не пошёл на какие-либо значимые уступки, а с другой – вернувшись в Константинополь, сановники обнаружили, что в городе уже началось восстание против Михаила VI Стратиотика. Спустя несколько дней Исаак вошёл в Константинополь и был провозглашён новым императором. Тем не менее, Михаил Пселл вновь сумел сохранить своё положение при дворе, стал одним из важнейших советников Исаака, и тот возвёл его в сан проэдра синклита – высший гражданский чин в империи. В 1059 г. Михаил Пселл сыграл одну из ведущих ролей в передаче власти от смертельно больного Исаака I Комнина к представителю рода Дук. Новый императора Константин X Дука (1059–1067 гг.) оказался многим обязан Михаилу Пселлу. В период его правления Михаил Пселл – наиболее влиятельный сановник, с которым император советуется по множеству вопросов, доверяет ему воспитание своих сыновей (старший из них, Михаил VII, византийский император в 1071–1078 гг.). В 1064 г., после смерти патриарха Константина III Лихуда, по совету Михаила Пселла Константин X Дука возводит на патриарший престол Иоанна VIII Ксифилина. Правлению Константина X Дуки посвящены наиболее восторженные главы «Хронографии» Михаила Пселла. После смерти Константина X Дуки в 1067 г. Михаил Пселл остался советником вдовствующей императрицы Евдокии, которая возглавила регентский совет при сыновьях Михаиле и Константине, воспитанниках Михаила Пселла. В декабре 1067 г. по желанию Евдокии власть была передана императору Роману IV Диогену (1068–1071 гг.), за которого императрица вышла замуж. Михаил Пселл, по его уверению, выступал против этого решения, указывая на ненадёжность нового брачного союза, а также, вероятно, рассчитывая на будущую перспективу укрепления самостоятельного правления рода Дук.