Вскоре после начала правления императора Константина IX Мономаха (1042–1055 гг.) Михаил Пселл был введён в состав синклита, получил должность протасикрита и вошёл в состав правительства, будучи посвящён во все государственные тайны. Константин IX Мономах благоволил к ритору и часто советовался с ним по различным вопросам; Михаил Пселл сопровождал его даже в военных кампаниях. В этот период Михаил Пселл – весьма влиятельный вельможа, получивший звание ипертима, а также вестарха (суть его обязанностей исследователям не вполне ясна). В середине 1040 гг. была проведена реформа высшей константинопольской школы (иногда называется университетом), были образованы два отделения – юридическое и философское. Около 1045 г. Михаил Пселл был назначен ипатом философов, главой философского отделения, главой юридического отделения стал Иоанн Ксифилин (Константинопольский патриарх Иоанн VIII Ксифилин с января 1064 г. по 1075 г.). Это назначение поставило Михаила Пселла в ранг главного учёного и ритора империи, что стало признанием его научных и литературных заслуг и его успешной придворной деятельности. В то же время благодаря дружбе с императором Константином IX Мономахом Михаил Пселл превратился в крупного землевладельца. Специальными хрисовулами император подарил ему дом в Константинополе, пожаловал во владение василикат Мадит (близ Авидоса), даровал права харистикария монастырей на Вифинском Олимпе (Келлийского, Кафарского и Мидикийского). В последующие десятилетия состояние Михаила Пселла лишь увеличивалось. Он был харистикарием монастырей в области Волерон на Балканах, имел право сбора податей с Трапезийского монастыря в феме Опсикий (Вифиния), владел рядом других земельных участков и пользовался финансовыми привилегиями. Таким образом, успешная придворная карьера Михаила Пселла обеспечила ему и высокое положение в научных кругах, и богатство. 1040 годы стали временем расцвета деятельности кружка придворных интеллектуалов, в который помимо Михаила Пселла входили Иоанн Мавропод, Иоанн Ксифилин, а также Константин Лихуд, занимавший пост логофета дрома (первого министра; в 1059–1063 гг. – Константинопольский патриарх Константин III Лихуд). Своим друзьям Михаил Пселл посвятил большое число посланий, похвальных Слов, научных и философских сочинений. Опасаясь за своё будущее, друзья поклялись в случае опалы или угрозы преследования со стороны властей вместе принять монашеский постриг. Около 1050 г. положение Константина Лихуда в правительстве пошатнулось, и он ушёл в отставку. Над его друзьями нависла угроза репрессий; все они боялись гнева императора, хотя суть обвинений, которые им могли быть предъявлены, исследователям неясна. Друзья Михаила Пселла один за другим удалились из столицы и приняли монашество в соответствии с прежним договором. Однако Михаил Пселл остался при дворе, сохранив доверие императора Константина IX Мономаха, выступал в защиту Иоанна Мавропода.