21–31 декабря 1853 г. в ответ на прошение (25 января 1853 г.) жителей города Макарьева монастырь был возведён Синодом в первый класс с управлением архимандритами. 30 января 1854 г. это определение утвердил император Николай I. В 1867 г. в Макариевом Унженском монастыре проживали 24 насельника (настоятель, семь монашествующих, 16 послушников), в 1891 г. – 21 насельник (настоятель, шесть иеромонахов, один иеродиакон, один рясофорный послушник и 12 лиц «на испытании»). В 1868 г. монастырь владел более 165 десятинами пахотной и сенокосной земли, около 50 десятинами леса, двумя мельницами и двумя небольшими рыбными ловлями на Унже. К концу XIX в. монастырю принадлежало 1269 десятин земли в Макарьевском, Юрьевецком и Ветлужском уездах (в том числе пахотной – 35 десятин, луговой – 64 десятины, лесной – 1056 десятин). В мае 1888 г. монастырь посетил художник Василий Васильевич Верещагин. Он отобрал 26 предметов для Ростовского музея церковных древностей, в том числе 17 икон и три картины на холстах XVIII в. Среди отобранных святынь были иконы преподобного Алексия, человека Божия, и великомученика Феодора Стратилата (покровителей царя Алексея Михайловича и царевича Феодора Алексеевича), поступившие в монастырь между 1666 и 1675 гг. В 1901 г. в Макариевом Унженском монастыре проживали 23 насельника: восемь монашествующих (в том числе архимандрит, игумен и три иеромонаха) и 15 послушников, в 1909 г. – 22 насельника, в том числе десять монашествующих. 19–20 мая 1913 г. настоятель архимандрит Иов (Харламов) участвовал в Костроме в торжествах в честь 300-летия Дома Романовых. 19 мая в Троицком соборе Ипатиевского во имя Святой Троицы мужского монастыря он преподнёс императору Николаю II   икону преподобного Макария. Во время Первой мировой войны, согласно постановлению съезда настоятелей и настоятельниц обителей Костромской епархии от 10 сентября 1915 г., Макариев Унженский монастырь должен был открыть лазарет для раненых на 12 коек. Под лазарет отвели помещения в монастырской гостинице, находившейся вне ограды. 21 июля 1916 г. в лазарет прибыла на пароходе по Унже первая группа из 12 раненых. Лазарет содержался за счёт обители. За ранеными ухаживали городской врач В.Г. Шрейдер, фельдшерица и сестра милосердия. Настоятель монастыря архимандрит Иов (Харламов; 1837–1915 гг.) около 30 лет был благочинным монастырей Костромской епархии. С 1913 г. больной архимандрит Иов проживал в монастыре на покое до кончины 4 февраля 1915 г. При большом стечении народа состоялось отпевание и погребение архимандрита в монастырском Троицком соборе. Его преемником стал бывший настоятель Бабаевского во имя святителя Николая Чудотворца монастыря игумен (с 1915 г. – архимандрит) Виссарион (Ильинский; 1850–1922 гг.). В 1917 г. он был выбран от Костромской епархии членом поместного Собора Российской православной церкви 1917–1918 гг. На Соборе архимандрит Виссарион вошёл в состав депутатов в Военно-революционный комитет, которые должны были призвать большевиков прекратить артиллерийский обстрел Московского Кремля. Утром 2 ноября депутаты проследовали к бывшему генерал-губернаторскому дому на Тверской ул. Архимандрит Виссарион нёс икону Московского патриарха Ермогена.