К 1613 г. на территории Макариева Унженского монастыря находились деревянные шатровые церкви во имя преподобного Макария Унженского и Желтоводского (летняя) и Святой Троицы с приделом святых Флора и Лавра (зимняя); шатровая «осьмистенная» колокольня с семью колоколами. В писцовой книге 1628 г. упоминаются также надвратная Никольская церковь и трапезная при Троицкой церкви. Мощи преподобного Макария пребывали под спудом в Макариевской церкви. Во второй половине XVII в. благодаря покровительству династии Романовых в Макариевом Унженском монастыре начали строить каменные здания. В 1664–1670 гг. возвели летний пятиглавый трёхапсидный собор Святой Троицы. В 1670–1674 гг. над местом погребения преподобного Макария поставили зимнюю пятиглавую Макариевскую церковь. В 1677–1680 гг. построили трапезную палату с одноглавой Благовещенской церковью и высокую шатровую колокольню, в 1682–1685 гг. – одноглавую надвратную Никольскую церковь. Причём главы Троицкой и Макариевской церквей были покрыты зелёной муравлёной черепицей. В 1687 г. был выстроен двухэтажный братский корпус. Главная святыня, гробница преподобного Макария в Макариевской церкви, по описанию 1701 г. выглядела так: «За правым столбом гробница пр. о. Макария оболочена камкою цветною ветха, круг гробницы решетка медная, на гробнице образ пр. о. Макария писан разными красками, на чудотворце венец гладкой серебряной вызолочен, в венце 3 камени, на полях и в средине оклад серебряный басемны вызолочен, у привеси у чудотворца 9 крестов, копейка золотая да серебряная, 2 жиковины сребряные вызолочены с подписью, на гробе чудотворца покров тафта зелена, опушка рудожелтая, крест кружево сребряное с золотом, подложен киндяком лазоревым». Медная решётка, окружавшая гробницу, была отлита на средства, пожертвованные царём Алексеем Михайловичем. В «Сказании об обретении мощей Макария Желтоводского и Унженского», созданном в Макариевом Унженском монастыре современником описываемых событий, рассказывается, что в июле 1670 г. в связи со строительством Макариевского храма в подножии раки преподобного нашли останки некоего монаха. Решив, что это один из ближайших учеников преподобного Макария, 12 октября того же года игумен Никита приказал их захоронить (Российская национальная библиотека). Но когда стали копать яму, обрели мощи основателя монастыря: «Многим нетлением от Бога почтени, и кости в составех тверди и нерушимы, власи главнии и брада седы, видом же всем таков, якоже и на иконах пишется. Одежда же иноческая на мощех, яже есть схима и мантиа, и прочее весма целы и крепки и опеленание нетленно». Игумен Никита с насельниками положил мощи в новый гроб и поставил его в гробнице, но не сообщил об этом событии ни царю Алексею Михайловичу, ни патриарху Московскому и всея Руси Иоасафу II. В 1675 г. монах Иосиф Свияжанин (т.е. уроженец Свияжска) бежал из Макариева Унженского монастыря в Москву, будучи перед этим наказанным игуменом Никитой. В столице он подал патриарху Московскому и всея Руси Иоакиму жалобу на игумена, в которой поведал, что настоятель выдаёт за мощи преподобного Макария останки неизвестного монаха. Частицей этих мощей во время своих визитов в Москву игумен Никита освящал воду, которую подносил царю и патриарху. Царь Алексей Михайлович приказал расследовать дело, была учреждена комиссия во главе с бывшим Тобольским и Сибирским архиепископом Симеоном, в которую входили желтоводский архимандрит Тихон Макаревский и бывший желтоводский игумен Варлаам. 28 февраля 1675 г. комиссия прибыла на Унжу. Игумен Никита был сослан в Желтоводский монастырь «в чин новоначальных послушников».