По результатам работы комиссии архиепископ Симеон написал патриарху, что игумен Никита с братией нашли «кости монашеския». Патриарх дал распоряжение закопать мощи под гробницей преподобного. Архиепископ дождался патриаршей грамоты и лично проследил за погребением останков, «со многим безславием, яко простаго мертвеца, постави в земли и землею засыпа». При этом архиерей отделил от мощей частицу и, прибыв в Желтоводский монастырь, отдал её архимандриту Тихону, который спрятал святыню в некоем укромном месте монастырского собора. Вскоре архимандрит Тихон ушёл из Желтоводского монастыря в «Поморския страны, и в тамошних пустынях же и монастырех нача скитатися, яко един от странных монахов». Через некоторое время архиепископ Симеон поведал патриарху о содеянном с мощами. В «Сказании...» этот поступок объясняется тяжёлой болезнью архиерея и муками совести. Чтобы вернуть к мощам отделённую частицу, следовало найти архимандрита Тихона. «Сказание...» свидетельствует, что патриарх «повеле послати во многия монастыри и пустыни грамматы и указы ко архимандритом и игуменом, и к строителем, повелевая им, аще в которой пустыни или монастыре желтоводский архимандрит Тихон пребывает, вскоре прислати его к Москве». Игумен Тихон, доставленный к патриарху, привёз в Москву и утаённую частицу мощей. По инициативе патриарха её принесли царю Фёдору Алексеевичу. Затем архимандриту Тихону поручили отвезти частицу мощей в Макариев Унженский монастырь и вложить её в гроб святого Макария. 17 марта 1677 г. архимандрит Тихон прибыл в обитель, причём не один, а «взем с собою некия честныя мужи, иеромонахи же и иеродиаконы, и монахи», т.е. во главе многочисленной делегации. В архиве Оружейной палаты в столбце 1677 г. обнаружена запись о материалах для «починки к Макарию Желтоводскому, что присланы сверху, кистей». Исследователи полагают, что в Макариевом Унженском монастыре проводились какие-то ремонтные работы; возможно, внимание к Макариеву Унженскому монастырю связано с деятельностью царского духовника Илариона, постриженика этой обители. В 1675–1682 гг. Макариев Унженский монастырь возглавлял игумен Митрофан (впоследствии епископ Воронежский). При нём в 1677–1680 гг. был построен и 23 июля 1680 г. освящён холодный двухэтажный Благовещенский храм. До начала XX в. на северо-восточной стороне его алтаря находилась каменная плита с надписью: «Освятися олтарь Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа в церкви Пресвятыя Богородицы честнаго и славнаго ея Благовещения свещена бысть церковь в лето 7188 (1680) июля в 23 д. при благоверном царе и великом князе Феодоре Алексеевиче всея Росии и при патриархе Иакиме Московском и всея Росии построися церковь при игумене Митрофане з братиею». Боярин и дворецкий Борис Михайлович Хитрово (1615–1680 гг.), почитавший настоятеля игумена Митрофана, сделал в монастырь несколько ценных вкладов. К началу XX в. в обители хранилась икона преподобного Макария в сребропозлащённой ризе, надпись на которой гласила: «7187 (1679) года февраля в 1 д. сей святый образ по обещанию своему устроил во обитель преподобного отца Макария Унежского чудотворца боярин дворецкий и оружничей Богдан зовомый Иов Хитрово и жена ево боярыня Марина по своих родителех». 25 февраля 1679 г. Б.М. Хитрово пожертвовал напрестольное Евангелие (М., 1677 г.), украшенное сребропозлащёнными чеканными изображениями Спасителя и евангелистов. В 1682 г. игумен Митрофан был назначен первым епископом Воронежским.