О владениях монастыря в XV в. у исследователей сведений нет. В 1579/1580 г. жалованной грамотой царя Ивана IV Васильевича Грозного обители был передан бортный лес «с Корякова рубежа по речку по Нозиму» в Унженской (Уженской) осаде Галичского уезда. В начале XVII в. посадский человек города Унжи Фома Крюков, принявший в Макариевом Унженском монастыре постриг с именем Феодосий, пожертвовал насельникам пустошь Тимошино на Ветлужской дороге в сорока верстах от монастыря и двор на посаде в Унже. В 1603/1604 г. царь Борис Фёдорович выдал монастырю жалованную грамоту на рыбную ловлю «в Стреже реке и в Унже от реки Марьинки вверх по речку Ирш, озерко Доман, озеро Свиное, да выше Ирша заводь Темницына». Той же грамотой за обителью закреплялся двор Крюкова в Унже. 7 декабря 1607 г. царь Василий Иванович Шуйский пожаловал Макариеву Унженскому монастырю «ис своих ис черных волостей» в Унженском уезде «деревнею Ярцевым Большим, деревнею Ярцевым Меньшим, деревнею Макаровым, починком Гаевым, деревнею Волковым, деревнею Ковровым, деревнею, что был починок Уколов, в монастырь к Живоначальной Троице и к чюдотворцу Макарью со всеми угодьи». Все эти поселения находились вблизи от монастыря: Ярцево – в нескольких верстах на север; Коврово, Гаево, Уколово – ныне в черте города Макарьева; Волково – в южной части Макарьевского района. В 1613 г. в этих деревнях проживало 15 крестьян и восемь бобылей (т.е. безземельных). В 1625 г. в деревне Коврово из монастыря был перенесён старый деревянный храм во имя святых Флора и Лавра, и Коврово стало называться селом. 24 февраля 1616 г. царь пожаловал монастырю в вотчину починки Тимошин, Карьков и Окатиха «со всеми угодьями». В 1620 г. в починке Тимошин (за Унжей, в 40 верстах от обители) был возведён храм в честь Вознесения Господня, Тимошино стало считаться селом. 28 февраля 1620 г. царь Михаил Фёдорович пожаловал обители Спасскую пустынь на Красной горе «со всеми угодьями, оной принадлежавшими»: с шестью починками (Великуша, Марковица, Стрелица и др.), тремя займищами (Рудаково, Галахтионка Говырина, Алексеево), тремя пожнями (Букино, Заречная, Отхожая) и пустошью Хмелевской. 29 октября 1621 г. царь передал монастырю 15 пустошей при починках Тимошин, Карьков и Окатиха «по пяти верст на все четыре стороны». 29 августа 1623 г. царь Михаил Фёдорович и патриарх Филарет (Романов) пожаловали монастырю в вотчину «из Коряковского оброчного бортного лесу» под пашню и сенные покосы 200 четвертей, «что за ними же на оброке». В писцовой книге 1628 г. отмечено, что «к тому монастырю вотчина – сельцо, что была деревня Коврово на реке Унже, а в ней храм во имя Флора и Лавра и к церкви двор попа Якова Тихонова, да в селе ж двор монастырский, четыре двора служебниковых двор Мишки Иевлева, двор Ульянки Иванова, двор Якунки Савина, двор Боженки Шишкина, да слободка под монастырем, а в ней крестьян двор Федька Дементьев, двор бобыля Фролка Тимофеев, да за монастырем деревня Ярцево, починок Гаево, деревня Волково, починок Горлищев (Белошеина тож), того ж монастыря вотчина отхожее село Тимошино, починок Акатиха, да к селу на все четыре стороны бортные ухожья» (упомянута и приписная Спасская пустынь с Преображенской церковью и тремя кельями).