В конце 1650 гг. обитель расширила свои владения далеко на восток. В 1644 г. монастырские старцы Тихон, Паисий, Косма и Пафнутий поселились за рекой Ветлугой, в пустоши Ченебечихе на реке Какше (Большой Какше) Ветлужской волости Галичского уезда. В 1654 г. они обратились к царю Алексею Михайловичу с челобитной, в которой просили пожаловать им пустошь Ченебечиху и ряд других пустошей и просили «велеть им дать царскую грамоту… на пустоши Ченебечихе воздвигнуть церковь во имя Воздвижения честнаго креста Господня и Алексия, человека Божия». Получив грамоту, строитель Тихон, возглавивший Воздвиженскую пустынь Ветлужской волости, возвёл здесь храм. В 1658 г. в челобитной к царю он «просил пожаловать велеть тое пустыню приписать к монастырю Макария Унежского чудотворца». Грамотой царя Алексея Михайловича от 28 февраля 1659 г. Воздвиженская пустынь с принадлежавшими ей слободкой, починками Холкиным, Хмелевицким, Паниным и большим количеством пустошей была приписана к монастырю. В 1652 г. в вотчинах Макариева Унженского монастыря было 90 селений, в которых насчитывалось 399 крестьянских дворов. В 1678 г. обители принадлежало 469 крестьянских дворов. С начала XVII в. монастырь имел подворье в Унже, с начала 1620 гг. – подворье в Москве. К 1676 г. в Юрьевце находилось «подворье Макарьевского монастыря, что на Унже». Отряды Степана Разина дошли до восточных волостей Галичского уезда. В Приунженском крае появился отряд казаков во главе с атаманом Ильёй (Илюшкой) Пономарёвым. Благодаря донесениям из вотчин настоятель игумен Никита имел возможность следить за перемещением отряда Ильи Пономарёва и своевременно извещать воевод в Галиче и Юрьевце. В конце 1670 г. отряд Ильи Пономарёва, включавший 400 конников и 300 пеших, двинулся от реки Ветлуги к реке Унже и дошёл до села Тимошина. В Житии преподобного Макария сказано, что разинцы увидели «пламы огненныя страшныя, иже и путь препяша... показася бо им лес тамо весь, чрез егоже достояше идти, горяше зельне», испугались идти на монастырь и повернули на город Унжу. 3 декабря 1670 г. разинцы вступили в город Унжу. Однако уже 5 декабря отряд царского воеводы Василия Савича Нарбекова подошёл к городу. Узнав о приближении правительственных войск, Илья Пономарёв покинул Унжу. Воевода В.С. Нарбеков преследовал его, и 13 декабря в сражении близ реки Шанги (левый приток Ветлуги) разинцы потерпели поражение. Бежавший Илья Пономарёв был схвачен и повешен в городе Тотьме. Из-за того что «в Галитчком уезде в черных людях речь такая пронеслась, бутто не вор Илюшка повешен», в конце декабря тело атамана привезли из Тотьмы в Галич и вновь повесили на Торговой площади. 23 августа 1671 г. царь Алексей Михайлович особой грамотой на имя галичского воеводы Сергея Михайловича Нестерова в монастырских вотчинах с «крестьянских и бобыльских дворов с трех сот сорока осьми дворов за даточного конного на 179 [1671 г.] год по полтине да ратным людям на жалованье по две гривне с двора править не велел». Этой грамотой была отмечена «служба» игумена Никиты, «что он, игумен, про приход воровских казаков Илюшки с товарищи к воеводам ведомость чинил и к воровству ни к какому не пристали, и того ради их радения теми деньгами великий государь их жаловал на церковное строение в свое царское богомолие в дом чудотворцу Макарию».