В 1930 гг. в обители разместили Макарьевскую машинно-тракторную станцию. На её нужды были переданы Макариевская и Успенская церкви, а в братском корпусе разместилось общежитие для трактористов. Исследователи полагают, что вскоре после закрытия обители исчезли обе деревянные часовни. В 1930 гг. для строительства городской бани была разобрана ограда, уцелели только одна северо-восточная башня и небольшие участки стены на северном и восточном пряслах стен. После закрытия Макариева Унженского монастыря большинство его икон утрачено, в том числе и Макариевский образ Божьей Матери. Уцелел список иконы конца XIX в. В советское время он находился в церкви Рождества Христова в городе Макарьеве, после возрождения монастыря был перенесён в обитель. В 1931 г. в Макарьеве была закрыта Ильинская кладбищенская церковь, в 1935 г. – Тихвинский (Александро-Невский) собор (так называемый новый собор), в котором был устроен районный дом культуры. В 1937 г., после ареста и расстрела настоятеля, прекратились богослужения в церкви в честь Рождества Христова («старом соборе»), официально закрытой в 1940 г. В 1945 г. Христорождественская церковь была возвращена верующим и переосвящена во имя преподобного Макария (в середине 1990 гг. при возрождении монастыря храму вернули его первоначальное посвящение – в честь Рождества Христова). В конце 1950 гг. Макарьевской машинно-тракторной станции предоставили другие место для размещения сельскохозяйственных машин. В 1970 гг. под руководством архитекторов Леонида Сергеевича Васильева и Анатолия Петровича Чернова началась реставрация построек монастыря, были восстановлены бо́льшая часть ограды, юго-восточная башня и арка проездных ворот. В 1972 г. в надвратной Никольской церкви был открыт краеведческий музей. 7 августа 1990 г., в день памяти преподобного Макария, в Макариевом Унженском монастыре состоялся возглавляемый епископом Костромским и Галичским Александром (Могилёвым) крестный ход к источнику преподобного Макария, во время которого была отслужена заупокойная лития по братии. В начале июля 1993 г. Костромской епархиальный совет принял решение о возобновлении монастыря как женской обители. 16 июля 1993 г. Синод благословил открытие монастыря, первой настоятельницей стала монахиня костромского Богоявленского Анастасиина женского монастыря Людмила (Охотникова), 7 августа возведённая в сан игуменьи. 15 ноября того же года глава администрации Костромской области подписал постановление о передаче Костромской епархии комплекса монастыря (за исключением Никольской церкви, в которой находился музей). 7 августа 1994 г. архиепископ Александр (Могилёв) освятил Макариевскую церковь – первый возрождённый храм обители. В 1994 г. в монастырь были перенесены мощи преподобного Макария, хранившиеся раньше в церкви Рождества Христова города Макарьева. В 1997 г. из надвратной Никольской церкви был выведен музей. В ночь на 10 ноября 2001 г. из-за глубоких трещин рухнула колокольня Благовещенской церкви. В ночь на 7 декабря в монастыре вспыхнул пожар, выгорели сестринский и трапезный корпуса. В 2000 г. в обители было 13 насельниц, в 2015 г. – шесть насельниц. С 25 марта 2004 г. настоятельницей является игуменья Вера (Морева). В 2005 г. в монастыре создан детский приют имени Митрофана Воронежского.