Г.В. Лейбниц прямо отождествляет Бога с бестелесным «Умом» («Mens»), который управляет всем миром. Бессмертие души Г.В. Лейбниц доказывает посредством анализа её мыслящей природы: поскольку свойственное душе самосознание (т.е. мышление самой себя как мыслящей) не может быть разделено на части, она не движется; поскольку она не движется, она не является телесной, не существует в пространстве и не может быть подвержена разрушению, т.е. смерти. Исследователи отмечают, что в рассуждениях Г.В. Лейбница совмещаются несколько противоположных влияний, которые и в дальнейшем определяли развитие его философии: 1) почерпнутое из схоластической теологии представление о Боге как о первопричине и предельном основании бытия и движения всех вещей; 2) дуалистическое учение Рене Декарта о противоположности мыслящего начала и протяжённого начала; 3) механистическое объяснение законов движения, которого придерживались как картезианцы, так и материалисты. Показательным свидетельством дальнейшего развития и уточнения метафизических идей, лежащих в основе доказательств, исследователи называют датируемое апрелем 1669 г. письмо Я. Томазию, в русском переводе изданное с подзаголовком «О возможности примирить Аристотеля с новой философией». В нём Г.В. Лейбниц замечает, что отказ «новых философов» от метафизических и физических идей аристотелизма является слишком радикальным и поспешным, и предлагает истолкование аристотелевских представлений о материи, форме и изменениях с помощью используемых в механистической философии понятий «величина», «фигура» и «движение». Соединяя аристотелевскую философию с новой, Г.В. Лейбниц утверждает, что «в мире не существует ничего, кроме ума («mens»), пространства («spatium»), материи и движения». При этом ум как «мыслящее сущее» («ens cogitans»; ср. «res cogitans» у Рене Декарта) является первичной причиной движения; пространство – это «первично-протяжённое бытие» («ens primo-extensum»; ср. «res extensa» у Рене Декарта), т.е. математическое тело, которое не содержит в себе ничего, кроме трёх измерений, и есть «место всех вещей»; материя – это «вторично-протяжённое бытие» («ens secundo-extensum»), или совокупность физических тел («corpus physicum»), каждому из которых свойственны сопротивление, несочетаемость (антитипия; т.е. невозможность для двух вещей занимать одно пространство), плотность, непроницаемость. Эти свойства задают различие тел и определяют все виды движения, в процессе которого тела приобретают определённую «форму», «фигуру», «величину» и т.п. Хотя возможность перехода неопределённой материи в оформленное тело заложена в самой природе материи, актуальный переход конкретной материи в конкретное тело осуществляется при воздействии на неё ума. При этом вопрос о природе ума оставался для Г.В. Лейбница в этот период наиболее проблематичным: с одной стороны, он продолжал утверждать, что этот Ум есть Бог, устанавливающий порядок в творении, которое представляет собой «Божий механизм» («horologium Dei»), с другой стороны – стремился определить, как представление о едином Уме соотносится с учением о человеческом уме, а также с разного рода теориями, предполагавшими существование множества «субстанциальных форм», «умов» или «духов», воздействующих на материю. Хотя в письме Я. Томазию Г.В. Лейбниц ещё придерживался аристотелевского представления о субстанции как о единстве материи и формы, серьёзной проблемой для метафизики Г.В. Лейбница стал вопрос о том, каким образом обеспечивается единство сложных тел; именно на пути поиска решения этого вопроса Г.В. Лейбниц пришёл к концепции индивидуальной духовной субстанции, впоследствии названной им монадой.