В серии заметок, посвящённых учению о Евхаристии, объединённых издателями под общим названием «Доказательство возможности таинства Евхаристии» («Demonstratio Possibilitatis Mysteriorum Eucharistiae»), Г.В. Лейбниц пытался продемонстрировать, что католическое учение о пресуществлении не противоречит выраженному в «Аугсбургском исповедании» лютеранскому учению о реальном присутствии Иисуса Христа в Евхаристии. Центральное место в триадологических, христологических и сакраментологических заметках этого времени занимает понятие «ум» («mens»), с помощью которого Г.В. Лейбниц пытался решить теологические антиномии. Эти антиномии, по его убеждению, проистекали из неверных представлений о субстанции; именно в этот период Г.В. Лейбниц впервые высказал мнение, что субстанциями в строгом смысле следует признавать лишь духовные сущности, т.е. «умы»; относящиеся к учению о субстанции философские и богословские проблемы он предложил решать с помощью анализа отношения между бестелесными духовными субстанциями и телами, которые в действительности не являются субстанциями. В заметках «О единстве Римской Церкви» («De Unitate Ecclesiae Romanae») и «О судье в религиозных спорах» («Commentatiuncula de Judice Controversiarum») Г.В. Лейбниц разбирал вопросы о церковной власти и церковной юрисдикции; не отвергая прямо католическое учения о примате Римского папы, он предлагал аргументы в пользу того, что подлинным авторитетом в области теологии следует признавать не некую внешнюю церковную инстанцию, но «абстрактное правильное мышление» («recta ratio in abstracto»), т.е. объективное философское сознание, носителями которого являются люди, руководствующиеся в своих рассуждениях строгими правилами философской логики. Развитие Г.В. Лейбница как метафизика в майнцский период засвидетельствовано в нескольких сочинениях, которые имеют преимущественно философско-теологический характер. Наиболее важным из них исследователи называют небольшой трактат «Свидетельство природы против атеистов» («Confessio Naturae contra Atheistas»; первое издание 1669 г.), в котором Г.В. Лейбниц вновь обратился к тематике доказательства бытия Божия, а также предпринял попытку построить доказательство бессмертия души. К этому времени Г.В. Лейбниц внимательно изучил материалистическую систему Томаса Гоббса, который упоминается в сочинении и является основным оппонентом Г.В. Лейбница. Соглашаясь с приверженцами материализма и атеизма в том, что многие телесные явления природы могут быть объяснены физически и механически без привлечения учения о Боге, Г.В. Лейбниц вместе с тем указывает, что анализ природы тела не может дать ответа на вопрос о началах или об основаниях его первичных свойств – величины, фигуры и движения. Определяя тело как нечто существующее в пространстве, Г.В. Лейбниц утверждает, что величина и фигура тел не могут быть выведены из их природы, т.к. без обращения к представлению о разумном начале невозможно объяснить, почему каждое конкретное тело имеет именно те величину и форму, которые оно имеет. Точно так же с точки зрения механистического материализма не может быть объяснено начало движения тел и способы их взаимодействия. Признавая допустимой гипотезу атомистов о том, что тела образованы из мельчайших частиц, Г.В. Лейбниц утверждает, что «для объяснения атомов правильным будет прибегнуть в конце концов к Богу, который даёт прочность этим последним основам вещей». Как и раньше, Г.В. Лейбниц выводит бестелесность Бога из положения, что лишь бестелесное существо может быть началом телесного движения; разумность и всемогущество Бога выводятся из «красоты вещей» и их «повиновения» власти Бога.