Книга об Иммануиле Канте имела большое значение для самого А.А. Козлова. Обсуждаемые в ней проблемы познающего субъекта, пространства и времени стали необходимой предпосылкой для самостоятельного исследования этих проблем в главной книге А.А. Козлова «Своё слово». В выборе между Готфридом Лейбницем и Иммануилом Кантом А.А. Козлов отдаёт предпочтение Готфриду Лейбницу. В 1884 г. в Санкт-Петербургском университете А.А. Козлов защитил докторскую диссертацию по книге «Генезис теории пространства и времени Канта» у Михаила Ивановича Владиславлева (1840–1890 гг.), первого переводчика «Критики чистого разума» на русский язык (СПб., 1867 г.). После возвращения в Киев А.А. Козлов стал сначала экстраординарным профессором, а затем ординарным. Читал курсы метафизики, логики и истории философии, литографированные версии которых были изданы в Киеве. В 1855 г. А.А. Козлов принимал участие в публичных чтениях лекций, вырученные средства от которых пошли на создание памятника Джордано Бруно. В докладе 28 апреля 1881 г. А.А. Козлов защищал Джордано Бруно, обвиняя его судей в непонимании разницы между теологией, которой занимаются теологи, и теософией философов. Для Джордано Бруно, по А.А. Козлову, «высшая цель человеческой жизни вообще – жизнь в Боге и для Бога». Знаменитую концепцию «героического энтузиазма» Джордано Бруно А.А. Козлов связывал с учениями Платона и Плотина. В 1887 г. вышла небольшая книга А.А. Козлова «Очерки из истории философии» с подзаголовком «Понятия философии и истории философии. Философия восточная». В предисловии к «Очеркам...» А.А. Козлов писал, что они могут быть использованы студентами университетов и академий как руководство по изучению философии. Учебное предназначение книги в значительной степени предопределило её содержание и форму изложения. По мнению А.А. Козлова, понимание философии как науки неизбежно ведёт к вопросу о правильности этого понимания, т.е. – к скептицизму. А.А. Козлов различал абсолютный скептицизм, который противоречит самому себе, утверждая невозможность знания вообще, и относительный скептицизм, который считает, что философия не является наукой. Опровергая тезис относительного скептицизма, А.А. Козлов приводил следующие аргументы: 1) каждая отдельная наука изучает свой частный предмет, но должна существовать такая наука, которая будет изучать все другие науки и их отношения между собой, – «наукословие», или знание о знании; 2) каждая наука изучает свой частный предмет, иначе говоря, частное сущее, но должна существовать такая наука, которая изучает всё сущее; 3) каждая наука, изучая свой предмет, пользуется понятиями, которые ею не объясняются и представляются известными, как, например, «бытие», «сущее», «материя»; из этого следует, что онтологические понятия составляют содержание особой науки – философии; 4) нравственные вопросы указывают на необходимость науки о нравственности – философии. А.А. Козлов даёт следующее определение понятия философии: «Философия есть наука о мире, его познании и его отношении к познающему субъекту». К основному составу философии он относил метафизику, теорию познания и этику. К ним, по его мнению, присоединяются и другие специальные философские дисциплины. А.А. Козлов придавал большое значение изучению истории философии, рассматривая её как поучительный поиск истины. «Восточная философия» (которой А.А. Козлов никогда специально не занимался) в его изложении представляет собой краткий обзор китайской философии (учения Конфуция и некоторых других философов) и индийской философии (Веданта и другие школы, а также буддизм). В 1885–1887 гг. А.А. Козлов начал издание первого русского философского журнала «Философский трёхмесячник», в котором печатал свои работы.