После перенесённого в 1886 г. инсульта, парализовавшего А.А. Козлова, он подал прошение об отставке. Переехав в Санкт-Петербург, несмотря на тяжёлое заболевание, лишившее его возможности передвигаться и самостоятельно писать, А.А. Козлов продолжил заниматься научной работой, диктуя свои сочинения. На закрытом заседании Психологического общества 24 января 1891 г. А.А. Козлов был избран его почётным членом. На этом же заседании почётными членами Общества были избраны В.С. Соловьёв, Пётр Григорьевич Редкин (1808–1891 гг.), Иван Михайлович Сеченов (1829–1905 гг.), Борис Николаевич Чичерин (1828–1904 гг.). А.А. Козлов опубликовал большое количество своих статей в журнале «Вопросы философии и психологии». Написанный в 1890 г. «Очерк жизни и философии Лейбница по сочинению Мерца: “Leibniz von Johann Theodor Merz”» представляет собой рецензию на книгу, вышедшую в английском издательстве «Blackwood and Sons» и переведённую на немецкий язык К. Шаршмидтом. Несмотря на опубликованное в России большое исследование Куно Фишера о Готфриде Лейбнице в переводе Николая Николаевича. Страхова, А.А. Козлов настоятельно рекомендовал книгу Иоганна Теодора Мерца за её современный подход к монадологии. Как и И.Т. Мерц, центральным пунктом философии Готфрида Лейбница А.А. Козлов считал учение о силе. В 1892–1894 гг. была напечатана работа А.А. Козлова о французском позитивизме от Огюста Конта до Жана Мари Гюйо и Габриэля Тарда, статья «Густав Тейхмюллер». Вместо «Философского трёхмесячника» А.А. Козлов приступил к изданию нового философского журнала «Своё слово», первый номер которого вышел в Киеве в 1888 г., а последний, пятнадцатый, – в Санкт-Петербурге в 1890 г. В 1895 г. вышла книга «Религия графа Л.Н. Толстого, его учение о жизни и любви», в которой А.А. Козлов отредактировал, дополнил и объединил свои работы о Льве Николаевиче Толстом, которые издавались с 1886 г. Книга включает две части: учение Л.Н. Толстого о религии и учение о жизни и любви. Первые варианты статей А.А. Козлова были написаны в то время, когда публикация сочинения Л.Н. Толстого «В чём моя вера» в России по цензурным соображениям была приостановлена (исследователи полагают, что А.А. Козлов познакомился с текстом по авторизованному французскому переводу). А.А. Козлов был одним из первых исследователей, кто предпринял систематический анализ религиозно-философских трудов Л.Н. Толстого. В сочинении А.А. Козлова исследователи видят влияние западноевропейской школы изучения религий с присущими ей чертами рационализма и позитивизма и опорой на научное исследование религии. А.А. Козлов не предполагал обсуждать толкование Евангелий и православной догматики Л.Н. Толстым, считая себя некомпетентным в этой области. Основные трудности исследования воззрений Л.Н. Толстого он связывал с неточностью языка, использованного для выражения учения. А.А. Козлов ставит вопрос: к религии или к философии относится учение Л.Н. Толстого? Для ответа на этот вопрос он обращается к определению понятия «религия» и приводит семь общераспространённых в науке и культуре объяснений религии, в процессе обсуждения которых выясняется, что каждое из них, в лучшем случае, является лишь «элементом религии».