После ряда бюрократических затруднений, прочитав в университете доклад pro venia legendi (на получение права читать лекции) по написанной им книге «Философские этюды. Ч. 1», а также две пробные лекции, одна из которых в 1877 г. была опубликована в виде статьи «Два основных положения философии Шопенгауэра», А.А. Козлов начал преподавательскую и научную деятельность в Киеве. В пробной лекции об Артуре Шопенгауэре А.А. Козлов пытался показать процесс формирования его учения, истоки которого связывал с философией Иммануила Канта, в частности, с его трансцендентальной эстетикой. Артур Шопенгауэр, по мнению А.А. Козлова, отрицая кантовскую концепцию непознаваемости «вещей в себе», в поисках независимого от субъекта бытия, в котором субъект и объект совпадают, приходит к такому пониманию «я», без которого не только невозможно познание мира, но и нет самого мира. Это первое положение Артура Шопенгауэра находит продолжение через анализ «я», мира «как воли и представления», в отождествлении «вещи в себе» с волей и в признании различий между эмпирической и метафизической волей. Таким образом, Артур Шопенгауэр, по мнению А.А. Козлова, формулирует второе положение, что «мир есть воля», а сама метафизическая воля им понимается как единая и беспричинная. В том же 1877 г. А.А. Козлов издал полемическое сочинение «Философия как наука», в котором отвечал на критику основных положений «Философских этюдов. Ч. 1». Подробно рассматривая каждое замечание, высказанное в адрес его учения о философии как науке, А.А. Козлов с большим мастерством критиковал своих оппонентов, обнаруживая в их аргументах непонимание сути философии, незнание историко-философской проблематики, логические противоречия в рассуждениях. Книга разделена на три неодинаковых по объёму раздела: в первом А.А. Козлов отвечал на критику филолога Павла Ивановича Аландского (1844–1883 гг.), во втором – психолога и философа Николая Яковлевича Грота (1852–1899 гг.), в третьем – Петра Никитича Ткачёва (1844 –1886 гг.). В 1878 г. вышла книга А.А. Козлова «Философия действительности: Изложение философской системы Дюринга с приложением критического обзора». Увлечение А.А. Козлова философией почти его ровесника, немецкого философа и экономиста Евгения Дюринга (1833–1921 гг.), исследователи объясняют всё ещё не преодолённым прошлым, когда социалистические идеи о будущем справедливом обществе были ему близки. А.А. Козлов рассматривал три существенных аспекта философии Евгения Дюринга: учение об основных формах бытия, о природе и о человеке. Учение о человеке, в свою очередь, включает сознание, нравственность и право, общественный быт и историю, ценности жизни. Несмотря на сочувствие к некоторым социалистическим идеям Евгения Дюринга и уважительное отношение к самому философу, А.А. Козлов подверг его философию строгой критике. При всей разности мировоззрений А.А. Козлова и Фридриха Энгельса (1820–1895 гг.) в их критике есть точки соприкосновения. А.А. Козлов считал, что философия Евгения Дюринга не имеет характера системы, что положенный в её основание принцип единства не выполняет функций единого начала, определяющего части системы; напротив, части системы выступают по отношению к самой системе в качестве независимого целого. А.А. Козлов отмечал постоянные колебания Евгения Дюринга между материализмом и рационализированным идеализмом, критиковал его теорию познания, представленную в книге «Естественная диалектика» («Natürliche Dialektik», 1865 г.).