За участие в антиправительственной деятельности А.А. Козлов был внесён в «Список подозрительных лиц в Москве», отправленный в 1859 г. московским губернатором Арсением Андреевичем Закревским на имя министра внутренних дел Василия Андреевича Долгорукова. В личной жизни А.А. Козлов повторил судьбу своего отца. Увлечённый народническими идеями, он заключил официальный брак с крестьянкой, с которой, однако, не нашёл взаимопонимания. Через один – два года, в 1861 г., не получив развода, А.А. Козлов вступил в гражданский брак со своей ученицей М.А. Челищевой, от которой у А.А. Козлова родилось трое детей: Екатерина, Наталья и Сергей, получивший фамилию по имени своего отца – Алексеев. М.А. Челищева, дочь помещика, в имении которого А.А. Козлов был преподавателем, принадлежала к нарождающемуся в России поколению женщин-нигилисток, выступавших против традиционных форм общественного и семейного укладов в России. Она покинула дом и вопреки воле родителей связала свою жизнь с А.А. Козловым. По некоторым сведениям, она была членом созданной Василием Алексеевичем Слепцовым «Знаменской коммуны», существовавшей в Москве на ул. Знаменка с 1863 по 1864 гг. Сам А.А. Козлов был человеком страстным, сторонником полигамии. Его сын Сергей в письме к сестре Екатерине от 23 декабря 1929 г. писал: «Отец наш дал очень славное духовное наследие, в котором самым умным было то, что всё же его жизнь была заряжена высшими духовными интересами и была свободна от пошлости... Но как человек, заряжённый остатками морального нигилизма (если хочешь, ницшеанства), он, конечно, сам во многом дискредитировал себя в глазах нас детей, и особенно вас – двух старших». В 1866 г. А.А. Козлов был арестован по делу о причастности к покушению Дмитрия Владимировича Каракозова на жизнь императора Александра II. Просидев около пяти месяцев в Петропавловской крепости, А.А. Козлов за недостаточностью улик был освобождён с «подчинением негласному надзору и запрещением жить в столицах». По мнению Аскольдова, пребывание в тюрьме изменило мировоззрение А.А. Козлова, и он решил посвятить свою жизнь науке. После освобождения А.А. Козлов заведовал лесным хозяйством крупного фабриканта во Владимирской губернии, затем занимался сельским хозяйством в Калужской губернии в имении своего тестя, который к тому времени примирился с судьбой дочери и даже подарил ей небольшое имение Мошарово. Пребывание в Мошарове, по мнению Аскольдова, было самым счастливым периодом в жизни А.А. Козлова. Случайно прочитанная книга Юлиуса Фрауэнштедта (1813–1879 гг.) «Письма о философии Шопенгауэра» («Briefe über die Schopenhauer'sche Philosophie», 1854 г.) пробудила в А.А. Козлове жгучий интерес к философии. С большой настойчивостью и целеустремлённостью он принялся самостоятельно изучать труды древних и современных философов, из последних преимущественно немецких и французских. А.А. Козлов работал над переводом основного труда известного немецкого философа Эдуарда фон Гартмана (1842–1906 гг.) «Философия бессознательного» («Philosophie des Unbewussten»), первое издание которого было опубликовано в 1869 г. в Берлине. Полагая сделать эту книгу доступной для русского читателя, А.А. Козлов стремился: 1) изложить «систему» Э. фон Гартмана; 2) «основные положения... нередко переводить целиком»; 3) дать «критическую оценку системы».