Рассуждая от противного, А.А. Козлов пытается приблизиться к описанию содержания религии. Первый тезис («религия не есть философия и наука, но включает их в себя, как элемент») представляет собой суждение, формальная структура которого воспроизводится и в шести последующих тезисах: религия «не есть продукт нравственной воли и деятельности», «не есть продукт эгоистических и евдемонистических стремлений», «не есть продукт чувств или специального чувства зависимости от абсолютного единства всего сущего», «не мистика», «не есть продукт идеи и чувства бесконечного», «не есть продукт художественного творчества», но всё это включается в религию. К каждому из тезисов А.А. Козлов даёт обоснование, связывая содержание отрицательной части тезиса с какими-либо учениями, которые пользуются в истории философии и культуры авторитетом. Исследователи отмечают, что эти обоснования не всегда убедительны по выбору имён. В частности, представление о религии как о первоначальной философской науке А.А. Козлов относит к Огюсту Конту; отождествление религии с нравственностью – к Иммануилу Канту; с эгоистическими и эвдемонистическими стремлениями – к Лукрецию Кару, Людвигу Фейербаху и браманизму; с продуктом чувств и зависимости от Абсолюта – к Фридриху Данаэлю Эрнсту Шлейермахеру; с мистикой – к Фридриху Генриху Якоби; с продуктом идеи и чувства бесконечного – к Фридриху Максу Мюллеру; с художественным творчеством – к Фридриху Антону Геллеру фон Гельвальду и другим историкам культуры. При этом основное и справедливое замечание А.А. Козлова заключается в том, что все эти объяснения религии имеют односторонний характер. Однако и сам А.А. Козлов, несмотря на свои знания о Боге, занимает позицию внешнего наблюдателя по отношению к христианству и не в состоянии объяснить христианскую религию из сути христианства. Об этом свидетельствуют не только его сугубо социологические определения церкви, согласно которым церковь – это «особый религиозный институт», «объективированная и организованная догматическая и нравственная вера», но и стремление обосновать религию на основе учения о целостном религиозного сознании как о присущем каждому человеку в разной степени и в зависимости от характера и глубины самопознания. Индивидуальное религиозное сознание, включающее кроме религиозных понятий и чувств художественную интуицию и способы символизации, т.е. всё то, что входит в религию, трансформируется у А.А. Козлова в понятие духа, обладающего целостным характером и полнотой жизни. А.А. Козлов писал, что «религиозное сознание соответствует потребности духа сознавать себя единым в своей деятельности или же что религия есть синтетическое единство деятельности духа». Предлагаемая им теория религиозного сознания может быть обоснована из его «философской системы» как индуктивным, так и дедуктивным путём; более того, только она может объяснить «общественный институт, который называется Церковью и есть продукт религиозного сознания». Уверенность в своей правоте позволяет А.А. Козлову дать следующее определение церкви: «Церковь есть особый институт, в котором организуется и объективируется религиозное сознание, или единство деятельностей духа, и который имеет специфические особенности, отличающие его от многих институтов, в которых организуются и объективируются эти деятельности порознь».