Затем понятие субстанции уточняется посредством отрицательных суждений. По мнению А.А. Козлова, субстанцией не является всё, что дано человеку посредством чувств, в том числе вещи, «материя», пространство; субстанция не находится в пространстве, «не есть то, что занимает пространство». Более того, пока ещё без обоснования утверждается, что «в пространстве нет ничего сущего, т.е. ни субстанций, ни акциденций», что с необходимостью порождает вопрос: существует ли само пространство? Отвечая на этот вопрос, Сократ Иванович отрицает существование пространства самого по себе и отмечает, что «весь пространственный мир не есть действительно и самостоятельно существующий, но только значковый мир, состоящий из значков, строящихся по законам психического акта представления и мысли». Вторая беседа, которая началась с обсуждения вопросов познания, касающихся учений Дэвида Юма и Иммануила Канта, ведёт к постановке проблемы существования и субстанции. Утверждение русского Сократа Ивановича «существовать – значит быть субстанцией» ставит под сомнение существование всего, что не является субстанцией. В третьей беседе, в которой продолжается обсуждение проблемы бытия и ничто, отмечается, что вопрос о бытии – «это один из самых тёмных и трудных в философии, хотя, по-видимому, вся наука и философия интересуются только тем, что есть, т.е. истиной, и отвергают то, что не есть, но как-либо считается за сущее, т.е. ложь и заблуждение». Обсуждая проблему существования души, Сократ Иванович говорит, что вместо термина «душа» он использует термин «субстанция» или «духовная субстанция», т.е. утверждает, что душа не существует в пространстве и, следовательно, её нет в теле. Таким образом, в этом аспекте толкования души А.А. Козлов занимает позицию Иммануила Канта, а не Готфрида Лейбница, который придерживался учения о душе человека как субстанции простой по своей природе, неделимой, без частей, невидимой, непротяжённой, но пребывающей в теле. А.А. Козлов кратко излагает общее учение о душе (сознании), включающее чувства, желания и понятия; в сознании различает бессознательное и сознательное состояния. Переход от бессознательного к сознательному он объясняет «ясностью», а с точки зрения условий, делающих его возможным, – «общением» с другими духовными субстанциями. Тем самым вводится понимание духовного мира как совокупности духовных субстанций или душ. По ходу беседы оппоненты Сократа Ивановича сочли совершенно неприемлемым отрицание существования тела человека, которое следует из отрицания существования пространства. К числу основных доводов Сократа Ивановича относятся: 1) тело не существует само по себе; 2) тело постоянно обновляется и не составляет неизменную реальность, а душа едина и неизменна; 3) «наши тела и весь материальный мир суть значки этих духовных субстанций, их деятельности и отношений». В четвёртой – шестой беседах обсуждаются определения бытия у Рене Декарта и Иммануила Канта, проблема познания «я», или самого себя, у Артура Шопенгауэра, значение проблематики бытия в процессе онтологического доказательства бытия Божия. Полагая, что «сознательное» и «бессознательное» отличаются друг от друга сугубо количественно, но не качественно, Сократ Иванович различает сознание простое, первоначальное и непосредственное, которое имеет характер очевидности и не требует со стороны человека никаких специальных усилий, и сознание сложное, производное и опосредованное, как результат рефлексии и особой синтетической деятельности мышления на основе законов логики и категорий.