Итоговое определение церкви у А.А. Козлова вопреки его критике отождествления религии с философией обусловлено сугубо философскими предпочтениями: с одной стороны, первостепенным значением индивидуального религиозного сознания, с другой стороны, возможностью и необходимостью объективации индивидуального сознания в его отношениях с другими индивидуальными сознаниями, т.е. возвышением до понятия «дух». В определении церкви А.А. Козлов оставляет в стороне не только её божественное происхождение, но и её мистический характер, связанный с таинствами. Объясняя дух из суммы заложенных в отдельном религиозном сознании способностей, помноженных на число всех индивидуальных сознаний людей, А.А. Козлов не только далёк от новозаветного понятия Святого Духа, но и расходится в понимании духа даже с Г.В.Ф. Гегелем, у которого многообразие значений духа имело хотя бы в «философии религии» отношение к Святому Духу. Основной недостаток теории религии А.А. Козлова исследователи видят в том, что, полагаясь на индуктивный метод, он в традициях западноевропейской школы изучения религий пытается сформулировать определение религии вообще, которое должно объяснить любую историческую религию, но на деле не объясняет ни одну из них. В анализе взглядов Л.Н. Толстого А.А. Козлов не ограничивается своей теорией, несмотря на то что подчёркивает её значение и использует в критике как догматическое богословие, так и опыт борьбы христианства с ересями. Исследуя книгу «Ma religion», А.А. Козлов приходит к отрицательному выводу относительно религиозно-философского характера этого сочинения. Употребление слова «Бог» в книге Л.Н. Толстого, по мнению А.А. Козлова, лишено конкретного смысла, поскольку им игнорируются важнейшие вопросы христианской религии, касающиеся отношения Бога к миру: сотворён мир или существовал вечно, существует мир сам по себе, или его существование определено волей Божьей? А.А. Козлов отмечал, что у христианских церквей, несмотря на разногласия по отдельным вопросам, есть согласие в учении о божественности Иисуса Христа, о вочеловечении, об искуплении, о принесённом Им божественном откровении. Отношение же Л.Н. Толстого к Иисусу Христу проникнуто рационализмом и исключает какие-либо религиозные чувства. Отсутствие важнейших тем христианской веры и критика церкви в учении Л.Н. Толстого позволяют А.А. Козлову утверждать, что оно не имеет отношения к христианству. Но имеет ли это учение отношение к религии? А.А. Козлов констатирует, что учение Л.Н. Толстого о Боге, несмотря на то что оно нередко именуется метафизикой, т.е. наукой о причинах всего сущего, на самом деле является этикой, основной задачей которой становится «достижение Царства Божьего на земле» путём исполнения заповедей «религии» Л.Н. Толстого. А.А. Козлов подробно критикует неопределённый характер этого учения, оторванность толстовского «Царства Божьего» от Бога и его бессмысленность. Исследуя пять основных нравственных заповедей по учению Л.Н. Толстого («не противиться злу или злому», «не судить и не осуждать», «не разрушать брак между мужчиной и женщиной», не «присягать кому-либо, в чём бы то ни было», «любить всех без различия национальностей»), А.А. Козлов отмечал их несостоятельность.