Исследователи отмечают, что содержание бесед А.А. Козлова представляет собой последовательное изложение его философии и включает следующие темы: о субстанции; об отношениях сознания и материи, или духовной субстанции и тела; о бытии; о времени; о религии, бытии и причинности; о пространстве; о движении; о вторичных качествах вещей, понятии причинности и внешнего мира. Беседы не ограничиваются этими темами и охватывают более широкий круг теоретических и историко-философских, а иногда и религиозных вопросов. В их числе – споры об отношении философии и естествознания, о понятии «бытие» у Иммануила Канта и Дэвида Юма, о разделении церквей, изложение и критика учения Г.В.Ф. Гегеля и др. Центральная идея построения системы философии А.А. Козлова, требовавшая выбора между теорией познания (гносеологией) в русле модного в это время неокантианства и онтологией, учением о бытии в русле традиционных онтологий, нашла решение в возвращении к метафизике, изначально понимаемой как учение о первых причинах и началах бытия и познания, но преобразованной новыми подходами. Это новое, ещё формирующееся понимание метафизики, полагавшее в основание истолкование бытия как личностного начала и отказывавшееся от традиционного понимания истины как соответствия между знанием и действительностью, вслед за Густавом Тейхмюллером (1832–1888 гг.) было усвоено А.А. Козловым. Однако в подлинном смысле этого слова «современные начала» в философии конца XIX в. получили глубокое философское обоснование и систематическую разработку лишь в феноменологии Эдмунда Гуссерля (1859–1936 гг.) и в фундаментальной онтологии Мартина Хайдеггера (1889–1976 гг.), с которыми учения Густава Тейхмюллера и А.А. Козлова не могут быть поставлены в один ряд. Сходство с учением Густава Тейхмюллера было главной причиной, по которой самостоятельность философской системы А.А. Козлова стала предметом обсуждения в русской литературе. Евгений Александрович Бобров (1867–1933 гг.), ученик Густава Тейхмюллера, сравнивая его с А.А. Козловым, не вполне справедливо уподоблял первого географу-путешественнику, первоначально изучающему местность, а его последователя – землемеру-топографу, который «старается собственными соображениями подтвердить и доказать первоначальный чертёж». Николай Онуфриевич Лосский (1870–1965 гг.), ученик А.А. Козлова, считал, что А.А. Козлов «воспринял почти все взгляды Тейхмюллера, но сделал очень много для разработки философии панпсихизма». Аскольдов отмечал, что дедукция понятия «бытие» и теория пространства и времени были восприняты А.А. Козловым от Густава Тейхмюллера и «именно в этих пунктах Козлова можно признать по преимуществу самостоятельным и оригинальным мыслителем». Протоиерей Василий Васильевич Зеньковский (1881–1962 гг.) в «Истории русской философии» писал, что А.А. Козлов включил в своё учение все положения Готфрида Лейбница и ряд основных положений философии Рудольфа Германа Лотце (1817–1881 гг.) и Густава Тейхмюллера, тем не менее, в обосновании основных принципов панпсихизма он самостоятелен. Фундаментальные определения субстанции А.А. Козлов вводит уже в первой беседе, начиная с положительных определений, в которых отмечается, что субстанция есть основание и представляет собой непространственное, нераздельное, единое само по себе и неизменное бытие в отличие от изменчивых акциденций и атрибутов, которыми, по его мнению, являются чувственные вещи.