Однако значительным достижением Сэмюэла Кларка исследователи называют сведение этих доказательств в одно цельное рассуждение, демонстрация их внутренних логических и метафизических взаимосвязей. Подчёркивая научный характер рассуждения, Сэмюэл Кларк сформулировал 12 положений («propositions»), содержащих то учение о Боге и Его свойствах, которое он намеревался рационально обосновать. В начальных пяти положениях Сэмюэл Кларк предлагал философско-метафизическое учение о природе Бога и обосновывал необходимость Его существования (остальные положения содержат учение об основных свойствах Божьих). В основание доказательства Сэмюэл Кларк полагал анализ понятия «сущее». Согласно его рассуждению, если есть нечто, существующее в данный момент, то есть и нечто, существующее вечно. Доказывая это положение, Сэмюэл Кларк отмечал, что нечто не может возникнуть из ничто, поскольку «говорить, что нечто произведено ничем – это то же самое, что говорить, что нечто вовсе не произведено». Всякое сущее, согласно Сэмюэлю Кларку, «имеет причину, смысл, основание своего существования, т.е. нечто, в силу чего и на основании чего оно, скорее, существует, чем не существует». Основание существования может быть заключено либо в самой природе сущего, и в таком случае это сущее будет самосущим, необходимым и вечным; либо в каком-то ином сущем, и тогда второе сущее будет находиться в причинной зависимости от первого сущего. Исходя из этого, Сэмюэл Кларк выделял две альтернативные позиции: либо нужно признать, что всегда существовало некое неизменное и независимое сущее, от которого как от первопричины берут своё начало все существующие вещи; либо следует заключить, что есть бесконечная последовательность изменяемых и зависимых сущих, постоянно сменяющих друг друга и не имеющих первопричины. Во втором случае, по замечанию Сэмюэля Кларка, разум неизбежно придёт к противоречию: поскольку всякое сущее будет относительным и зависящим от другого, ни одно сущее не будет обладать необходимым существованием, а потому вся в целом бесконечная последовательность сущего окажется не имеющей причины и основания существования, т.е. происходящей от ничто как от причины, что логически невозможно. Таким образом, признание существования сущего влечёт за собой признание существования необходимого самостоятельно существующего («self-existent») сущего. Рассматривая полученное понятие «необходимое сущее», Сэмюэл Кларк подчёркивал, что используемые в нём атрибуты «необходимость» и «самостоятельное существование» являются априорными, а не апостериорными; при этом «априорность» он понимал в схоластическом, докантовском смысле – как наличие в человеческом сознании категорий, генетически связанных с опытом, однако логически не нуждающихся в опыте и обладающих интуитивной достоверностью. По словам Сэмюэля Кларка, люди «в собственных умах» («in our minds»), т.е. анализируя категории собственного сознания, обнаруживают идеи вечности и бесконечности точно таким же образом, каким они обнаруживают идею математического равенства, позволяющую выносить соответствующие частные суждения. Поэтому полное отрицание того, что существует нечто вечное и бесконечное, равнозначно упразднению самого сознания и априорно невозможно.