Одной из обязанностей, возложенных Джоном Муром на Сэмюэля Кларка, стала каталогизация насчитывавшей около 30 тыс. печатных томов и больше тысячи рукописей епископской библиотеки. Знакомясь с книгами из этой библиотеки, Сэмюэл Кларк смог значительно расширить свой богословский и философский кругозор (он пользовался покровительством Джона Мура до последних дней епископа, а после его смерти издал собрание его проповедей). В 1699 г. Сэмюэл Кларк подготовил к печати первое сочинение, которое имело отчасти богословский, отчасти апологетический, отчасти нравоучительный характер и вышло под названием «Три практических очерка, а именно о крещении, конфирмации и покаянии, содержащие руководство к святой жизни». В действительности тематика трактата была более широкой, чем было заявлено в заглавии. В предисловии Сэмюэл Кларк отмечал, что его задачей является представление гармоничного христианского учения о пути человека к спасению, которое существовало в «первоначальной» христианской церкви, однако в ходе исторического развития христианства оказалось помрачено из-за чрезмерного акцентирования крайних богословских позиций. Говоря о крайностях, существовавших в его время, Сэмюэл Кларк указывал на ортодоксальный кальвинизм, сторонники которого, по его мнению, «преувеличивают порчу человеческой природы» и, превознося действие сверхъестественной благодати, лишают человека уверенности в необходимости прилагать постоянные усилия к достижению личного нравственного совершенства. Согласно Сэмюэлю Кларку, в таинстве крещения «Бог целиком подаёт человеку ту благодать, которая необходима для исполнения его обязанности»; для крещённых в младенчестве дарование этой благодати подтверждается при конфирмации, когда человек сознательно входит в христианскую церковь. С момента крещения или конфирмации, по утверждению Сэмюэля Кларка, человек уже не должен рассчитывать на некую «экстраординарную» или «непреодолимую» благодать, способствующую совершению им добра и его уклонению от зла, но должен с надеждой на обещанную ему при крещении божественную поддержку «жить, постоянно реализуя на практике известную ему обязанность», т.е. творить добро и избегать зла). Рассматривая в первом эссе таинство крещения, Сэмюэл Кларк выделял четыре «благодатных дара» («spiritual graces»), или «привилегии» («privileges»), подаваемые Богом человеку при крещении: 1) отпущение всех предшествующих грехов, вследствие которого человек после крещения становится полностью невинным перед Богом и возвращается к той чистоте, в которой он был сотворён Богом; 2) допуск в церковь, т.е. присоединение к «семье Божьей», к сообществу христиан; 3) обетование благодатной помощи Святого Духа, Который «обновляет и изменяет человеческий ум, наставляет людей в их обязанностях и помогает осуществлять их»; 4) обетование воскресения для вечной жизни, благодаря которому человек приобретает надежду на будущее справедливое воздаяние. Будучи источником благодатных даров, крещение вместе с тем есть «завет», или «договор» («covenant»), между Богом и человеком, в силу чего человек, приступая к крещению, добровольно принимает на себя три важнейшие христианские обязанности: 1) твёрдо знать и открыто исповедовать содержание своей веры; 2) умерщвлять в себе греховные желания и возрождаться для праведности; 3) «отвергнуться себя» (ср.: Мф. 16:24), т.е. отказаться от любви к себе и к земному миру; во всех поступках руководствоваться лишь любовью к Богу.