По мысли Сэмюэла Кларка, принятие или непринятие этих книг никак не должно влиять на отношение к канону Нового Завета, поскольку в канон Нового Завета церковь приняла лишь те книги, о которых было достоверно известно, что они написаны или одобрены апостолами, тогда как многие другие книги, столь же древние, но не имевшие апостольского одобрения и потому не считающиеся богодухновенными, церковь рассматривала как полезные для духовного назидания, но не являющиеся неоспоримым источником истинной веры. Убеждение Сэмюэла Кларка в важности для теологов и для всех христиан изучения Нового Завета нашло отражение в обширном сочинении «Парафраз к четырём Евангелиям» («A Paraphrase on the Four Evangelists», 1703 г.), над которым Сэмюэл Кларк работал с 1700 г. и которое первоначально издавалось по частям, а затем было опубликовано в двух томах целиком. Парафраз, т.е. краткий комментирующий пересказ библейских книг, был весьма популярным жанром религиозной литературы в XVI–XVIII вв.; в предисловии к сочинению Сэмюэл Кларк называет имена нескольких предшественников в этом жанре, в том числе Эразма Роттердамского, который составил пространные парафразы к книгам Нового Завета. Сэмюэл Кларк намеревался предложить в парафразе краткий комментарий, уточняющий и упрощающий сложные места Евангелий; в предисловии он особо отмечал, что не хочет касаться вопросов, являющихся предметом конфессиональной полемики, и желает ограничиться представлением «учения Спасителя во всей его первоначальной простоте», т.е. христианства, непосредственно выводимого из евангельского текста. Все страницы «Парафраза...» разделены на две колонки: в левой приводится английский текст Священного Писания (по «Библии короля Якова»), а в правой помещён пересказ и комментарий Сэмюэля Кларка. Хотя он заявлял о намерении «прояснить» смысл Евангелия, многие комментарии в силу их рационалистического и моралистического характера, по оценкам современных исследователей, скорее, усложняют содержание, затрудняют его непосредственное понимание и не всегда удачно переводят ёмкие евангельские мысли на богословский язык XVIII в. Например, для изречения Иисуса Христа из Нагорной проповеди «Блаженны нищие духом, ибо их есть Царство Небесное» (Мф. 5:3) Сэмюэл Кларк предлагал следующий парафраз: «Блаженны бедные и смиренные, скромные и довольствующиеся немногим; те, кто не прилепляются сердцем к этому миру и не ищут его сокровищ и почестей; те, кто предпочитают праведность богатству и славе; те, кто готовы презреть все эти вещи и без печали отказаться от них ради религии..., они надлежащим образом подготовлены к тому, чтобы быть членами истинной Церкви Божьей здесь, и будут вознаграждены вечным счастьем в грядущей жизни». Триадологические и христологические места Евангелий Сэмюэл Кларк комментировал в этом сочинении преимущественно в согласии с церковной традицией, однако в некоторых его комментариях исследователи обнаруживают предвосхищение его будущих неортодоксальных триадологических убеждений. В частности, поясняя ключевые для христианской триадологии слова из Евангелия от Иоанна «Я и Отец – одно» (Ин. 10:30), Сэмюэл Кларк утверждал, что Иисус Христос в них свидетельствует: «Я и Отец – одно и то же в отношении силы и воли («in power and will»), поскольку Он уделил Свою силу Мне» (такое толкование легко может быть понято в арианском смысле). Сэмюэл Кларк намеревался составить парафраз ко всем книгам Нового Завета, однако это намерение осталось неосуществлённым. Продолжение его труда было подготовлено его другом Томасом Пайлом (1674–1756 гг.) и опубликовано под заглавием «Парафраз с примечаниями к Деяниям апостолов и ко всем посланиям Нового Завета» («A Paraphrase with Some Notes, on the Acts of the Apostles, and upon All the Epistles of the New Testament»).