В 1704 г. Сэмюэл Кларк получил почётное предложение выступить в соборе святого Павла в Лондоне с циклом из восьми докладов-проповедей в рамках «Лекций Бойля», или «Бойлевских лекций» («Boyle Lectures»), учреждённых английским физиком и богословом Робертом Бойлем (1627–1691 гг.). Согласно завещанию Роберта Бойля, приглашённые богословы и философы должны были предлагать рациональную и свободную от конфессиональной полемики защиту христианства от «неверных», т.е. от атеистов, деистов, язычников, иудеев, мусульман и т.д. В качестве темы лекций Сэмюэл Кларк избрал вопрос о возможности рационального доказательства бытия Божия; он предлагал такое доказательство и противопоставлял его философским системам Томаса Гоббса (1588–1679 гг.) и Бенедикта Спинозы (1632–1677 гг.), которые, как полагал Сэмюэл Кларк, были предшественниками деистов и в XVII в. были ведущими защитниками представления о том, что бытие Божье рационально непознаваемо и недоказуемо средствами естественного разума. Лекции Сэмюэла Кларка имели значительный успех, вследствие чего ему было предложено выступить в 1705 г. со вторым циклом лекций. Сэмюэл Кларк посвятил их теме естественной религии, подробно рассмотрев вопросы о её природе, границах, отношении к богооткровенной религии и положительному научному знанию. Он  подготовил издания лекций в виде самостоятельных трактатов: трактат, содержащий материал первого цикла лекций, был опубликован под заглавием «Доказательство бытия Бога и Его свойств» («A Demonstration of the Being and Attributes of God», 1705 г.); трактат, основывающийся на лекциях второго цикла, вышел в свет под названием «Рассуждение о неизменных обязательствах, налагаемых естественной религией, а также об истинности и надёжности христианского откровения» («A Discourse Concerning the Unchangeable Obligations of Natural Religion, and the Truth and Certainty of the Christian Revelation», 1706 г.). Впоследствии оба трактата издавались с некоторыми дополнениями под общим названием «Рассуждение о бытии и свойствах Бога, об обязанностях, налагаемых естественной религией, а также об истинности и надёжности христианского откровения» («A Discourse Concerning the Being and Attributes of God, the Obligations of Natural Religion, and the Truth and Certainty of the Christian Revelation», 1711 г.). Представляя в первом трактате доказательство существования Бога, Сэмюэл Кларк заявлял о намерении придерживаться «математического» метода исследования настолько, насколько это позволяет природа обсуждаемого предмета. Это, по мнению современных исследователей, свидетельствует о его постоянной ориентации на ньютоновский идеал научного знания, строящегося из аксиом и теорем по образцу «Начал» Евклида (конец IV – начало III вв. до н.э.). Доказательство Сэмюэля Кларка с точки зрения его составных элементов исследователи считают малооригинальным: он опирается на традиционное онтологическое, космологическое и телеологическое доказательства, неоднократно излагавшиеся античными и средневековыми мыслителями (см. ст. Доказательства бытия Божия).