Сэмюэл Кларк подчёркивал, что в древней церкви существовали сторонники учения о том, что истинное покаяние может быть принесено лишь раз в жизни. Считая эту позицию излишне жёсткой, он вместе с тем отмечал, что покаяние в тяжких грехах – это не просто признание греха, но обязательство перед Богом возненавидеть этот грех и радикально изменить свою жизнь, вступив с Богом в постоянное «отношение послушания». Некоторые современные исследователи считают «Три практических очерка...» наиболее оригинальным и важным богословским сочинением Сэмюэля Кларка, недооценённым его современниками, и отмечают, что, с одной стороны, Сэмюэл Кларк в нём впервые сформулировал принципиальные идеи собственной философской теологии, многие из которых он развивал в последующих работах, а с другой стороны, представил христианство как цельную систему, предложив в контексте рационалистического осмысления церковных таинств учение о духовном пути христианина в его теоретическом и практическом аспектах. Несмотря на склонность к рационалистической трактовке христианства, Сэмюэл Кларк в ранний период полностью оставался на позициях традиционного англиканства. Особенно настороженно он относился к попыткам некоторых современников, главным образом, деистов, поставить под сомнение непреходящее значение Священного Писания как источника вероучительных истин. В 1699 г. Сэмюэл Кларк анонимно опубликовал написанное в форме письма другу небольшое сочинение «Размышления о той части книги, озаглавленной Аминтор, или Защита Жизни Мильтона, которая относится к вопросу о писаниях древних отцов Церкви и о каноне Нового Завета» («Some Reflections on That Part of a Book Called Amyntor, or, The Defence of Milton's Life, Which Relates to the Writings of the Primitive Fathers and the Canon of the New Testament»). Трактат английского деиста Джона Толанда (1670–1722 гг.) «Аминтор, или Защита Жизни Мильтона» («Amyntor, or, The Defence of Milton's Life») содержал развёрнутый ответ на критику, высказанную англиканскими теологами в адрес написанного Джоном Толандом и опубликованного в 1698 г. жизнеописания английского поэта и теолога Джона Мильтона (1608–1674 гг.), в котором Джон Толанд среди прочего высказывал мысль о неподлинности ряда книг, входящих в канон Нового Завета, указывая в качестве аргумента на наличие произведений раннехристианской литературы, которые по разным причинам не были приняты в канон Нового Завета. Возражая Джону Толанду, Сэмюэл Кларк отмечал, что действительно существует группа произведений, не принятых церковью в канон Нового Завета, однако достойных почтительного отношения и внимательного изучения ввиду их древнего происхождения и авторитета; к их числу Сэмюэл Кларк относил Первое послание Римского епископа Климента, послания Антиохийского епископа Игнатия Богоносца, послание к Филиппийцам Смирнского епископа Поликрпа, Послание апостола Варнавы, «Пастырь» Ермы. Сэмюэл Кларк полагал, что нет убедительных оснований считать все эти сочинения подложными, как предлагал Джон Толанд; хотя они уступают книгам Нового Завета в авторитетности, они согласны с ними по содержанию.