Как с точки зрения метода, так и с точки зрения содержания систему философско-теологических взглядов Сэмюэля Кларка исследователи считают одним из наиболее показательных примеров последовательного христианского рационализма. Основываясь на логико-онтологическом наследии схоластики, на достижениях английской философии познания и сознания, на ньютоновских естественнонаучных концепциях, Сэмюэл Кларк стремился осуществить гармоничный синтез эмпирического, практического, теоретического и религиозного знания. Его ориентация на полноту философско-богословского синтеза была нехарактерна для европейской философии Нового времени, развитие которой определялось борьбой радикально противопоставляемых друг другу систем миропонимания, в каждой из которых абсолютизировался определённый способ интерпретации реальности. Напротив, в философии Сэмюэля Кларка разум и вера, практика и теория, идеальное и материальное всегда интерпретировались исходя из их объективного единства; в этом отношении философия Сэмюэля Кларка обладает непреходящей актуальностью, коренящейся в свойственной самому человеческому разуму тенденции не останавливаться на анализе и стремиться от анализа к синтезу. Будучи не только философом, но и теологом, Сэмюэл Кларк полагал, что высшей задачей рационального философского познания является построение естественной теологии как рационального учения о Боге в Его самобытии и в многообразии Его действий в мире. Для всякой естественной теологии остаётся значимой и актуальной осуществлённая Сэмюэлем Кларком убедительная демонстрация того, что Иммануил Кант впоследствии называл «идеалом чистого разума»: неизменно присущего теоретическому разуму в его логико-философском движении стремления к идее Бога как необходимого и самобытного Сущего. Вместе с тем, несмотря на всю убеждённость Сэмюэля Кларка в рациональности христианства, его собственные построения свидетельствуют о том, что переход от «религии вообще» к конкретной богооткровенной религии никогда не может быть осуществлён средствами чистого разума, но всегда требует веры как волевого решения, как «смирения разума», как готовности разума покорно принять нечто, не подчинённое его суждению. Отказом Сэмюэля Кларка признать ограниченность разума в области теологии исследователи объясняют его уклонения от традиционной догматики христианства. Уверенность Сэмюэля Кларка в том, что религия всецело рациональна, и её содержание может быть объяснено из принципов разума, определяет как силу, так и слабость его философско-богословской системы, а тем самым и любой системы христианского рационализма. В этом отношении учение Сэмюэля Кларка и ныне остаётся важной наглядной демонстрацией двойственности и проблематичности естественной теологии, её преимуществ и её недостатков.